Mlčeň bývala dříve nazývána jako Mlčín, někdy též jako Mlčení. Vzhledem k položení této lokality v Kokořínském údolí při potoku Pšovce bylo jasné, že zde kokořínská vrchnost využije větší rovinaté plochy a cosi tu založí. Nejprve vznikl v těchto místech mlýn, který byl stejně významný jako mlýn přímo pod Kokořínem - Podhradský, později ho však mnohokrát zastínil, přičemž k jeho vybudování muselo dojít minimálně v 16. století, pokud ne o mnoho let dříve.
Toto vlastnictví bývalo mnohokrát zmíněno při různých koupích, např. kdy ho v roce 1609 zakoupil král Rudolf II. po Oldřichu Hřánovi na Kokoříně, Vidimi a Stránce a od něj 10. listopadu 1610 Václav Berka z Dubé; stejně tak během pobělohorských událostí, kdy byl mlýn s dalšími majetky zabaven královskou komorou předem jmenovanému Václavu Berkovi z
Dubé, neboť býval věrným příznivcem českého krále Fridricha Falckého, o jehož zvolení se částečně rovněž zasloužil. Zmiňme jen to, že za této krátké éry působil jako nejvyšší zemský sudí a v roce 1620 byl vyslán jako posel k saskému kurfiřtovi. Bylo tedy jasné, že po vítězství habsburské strany, dojde i na něj, když všichni její odpůrci byli většinou pochytáni, vězněni, donuceni k emigraci, přechodu k té jedné "pravé víře" nebo popraveni při známé exekuci na Staroměstském náměstí.
6. července 1622 zakoupil Kokořínsko Adam hrabě z Valdštejna, i když vedle toho se neúspěšně snažil o získání alespoň části rodinného majetku Adam Bohumír Berka z
Dubé a z Lipého, syn Václava Berky z
Dubé, jenž se nacházel na studiích v Paříži a snažil se od svého otce distancovat. O rok později bylo toto panství postoupeno Albrechtu Václavu Eusebiu z Valdštejna, po jehož zavraždění v roce 1634 došlo k opětovné konfiskaci Kokořínska s celým vidimským statkem a roku 1636 ho obdržel za věrné služby císařský generál Jan Beck (psán i jako Boek), po němž následovali jeho potomci - Eugen Albert von Beck a Karl Josef von Boek, po jehož smrti v roce 1700 byl statek Vidim rozdělen, přičemž kokořínská část se dostala Anně Magdaleně hraběnce ze Schützu a Leopoldsheimu, roz. Beckové. Když roku 1720 zemřela, dostalo se Karolině Anně hraběnce z Bubna a z Litic, roz. Beckové.
Vlastníci tohoto statku se sice často měnili, ale nejvíce stop v těchto místech po sobě zanechali pražští augustiniáni, kteří drželi stránské panství a tím rovněž i samu Mlčeň, o níž se říkalo, že své jméno obdržela podle toho, že se tu po třicetileté válce nějakou dobu nemlelo - vodní kolo totiž "mlčelo", což je však pouze novodobý a často tradovaný výmysl, např. Josefem B. Cinibulkem (Průvodce údolím Kokořínským a Mšenským Švýcarskem. Mšeno u Kokořína, Hradsko, Houska. Výlety ze Mšena. Snůška excerpt o údolí Kokořínském), neboť samo pojmenování je staršího původu. Není tedy nic neobvyklého, že louky podél potoka Pšovky byly nadále využívány jako pastviny pro dobytek, na svazích byly obnovovány nebo nově zakládány lesy a v Mlčeni stále vesele klapalo mlýnské kolo, protože by bylo velkou chybou nevyužít síly tohoto vodního toku a dovážet mouku odněkud ze vzdálenějších míst.
Vrchnost se zprvu mlýna nechtěla úplně zbavit, takže ho nadále vlastnila, ale pronajímala ho za určitý obnos a ti, co ho vydražili, byli zatíženi též některými povinnostmi, ať již ohledně údržby toku, tak některými robotami a poplatky. V 80. letech 18. století byl zdejším mlynářem Jan Kryštof Kupf a v roce 1792 je zde zmíněn jeho syn Václav s manželkou Reginou, jimž se 8. února 1802 narodila dcera Marie Anna, 29. ledna 1804 dcera Barbora Anna, 15. března 1806 syn Jan Nepomuk a 4. listopadu 1810 syn Václav. Následně se sem přiženil Jakub Kühnl (psán i jako Kühnel), čímž se změnilo příjmení zdejších hospodářů, ale pouze po meči, protože původní vlastníci pokračovali po přeslici. V té době zde ještě stávala přímo pod skalním ostrohem kaplička, jež navazovala na dodnes zachovaný otvor ve skále, o jehož původu se zmiňují autoři rozdílně, podle jedněch je přírodního původu, podle druhých byl vytesán přímo v souvislosti s výstavbou již jmenované kapličky, o jejíchž počátcích mnoho nevíme.
Nájemci mlýna se často měnili a počátkem 19. století zde působili Johann a Barbora Kühnelovi, o nichž nalezneme zmínky z různých matrik a listinných zápisů k letům 1842-1850. Z indikační skici stabilního katastru z roku 1842 také vidíme, že mlýn již nenáležel přímo vrchnosti, ale Johannu Kühnelovi, což znamená, že někdy předtím došlo k jeho odkoupení mlýna, i když některé pozemky náležející k čp. 1 byly stále ve vlastnictví panstva (viz
https://ags.cuzk.cz/archiv/openmap.html?typ=skicic&idrastru=BOL224018420). Manželům Kühnelovým se však na rozdíl od vrchnosti dařilo a svůj majetek díky obchodní zdatnosti a výřečnosti dokázali stále zvětšovat, takže nakonec docházelo k tomu, že augustiniánská vrchnost si začala půjčovat peníze i u nich, příkladem budiž zápis z roku 1850 o zápůjčce augustiniánů ve výši 1 000 zlatých od Barbory Kühnelové, jíž byla na oplátku zastavena část nemovitostí v Mlčeni i s jejím výměnkem. O rok později její manžel zapůjčil panstvu 500 zlatých a dluh byl zapsán opět na část mlčeňského majetku. Zástavní práva v Mlčeni měly i jejich dcery Julie, provd. Vitásková (1 000 zlatých) a Alžběta Kühnelová (5 000 zlatých), a to víme ze zápisu z roku 1863. V té době měly být ještě pouhými zástavními držitelkami a až později jim měl mlýn se všemi přilehlými pozemky připadnout do výhradního vlastnictví (prameny se liší, některé hovoří již o roku 1857, jiné jdou mnohem dál), i když obě žily v Mladé Boleslavi a mlýn pronajímaly stejně jako bývalá vrchnost. Z tohoto důvodu se zde mnoho nezměnilo, což je vidět srovnáním již jmenované indikační skici stabilního katastru z roku 1842 s reambulací stabilního katastru z roku 1871, že došlo pouze ke změně ohledně východně položeného zděného hospodářského stavení (viz
https://ags.cuzk.cz/archiv/openmap.html?typ=orm&idrastru=B2_a_4C_2993_5).
Obě sestry však nebyly tak zdatné jako jejich rodiče a neměly také štěstí na nájemce, takže nakonec se mlýn čp. 8-9 (staré čp. 1) dostal v roce 1888 do veřejné dražby, i když tehdy již byl ve vlastnictví Marie Mokré, vdovy po Josefu Mokrém. Odhadnut byl na 17 481 zlatých, dražební termíny byly stanoveny na 30. května a 30. června 1888 a po neúspěšném prodeji došlo k přecenění na 17 123 zlatých a dražilo se 25. února, 26. března, 27. dubna 1889 později se vrátilo k původnímu odhadu (16. srpna 1889) a novými majiteli se stali František a Zdena Petříkovi, kteří se následně pustili do jeho obnovy do současné třípodlažní podoby a jejich potomci na něm mleli a později vyráběli i elektrický proud až do roku 1950 (v roce 1930 zde František Petřík provozoval 1 kolo na svrchní vodu - Bánkiho turbínu, přičemž množství vody činilo 0,158 m3/s, spád byl 5,4 m a normální výkon vodního díla činil 7,36 koňských sil), kdy došlo ke zrušení vodního práva a zabavení mlýna ve prospěch místního JZD, které ho využívalo ke šrotování, ale také zejména k skladovacím účelům. Jeho starost o budovy však byla minimální, což nelibě nesli i manželé Petříkovi, kteří tu žili až do roku 1958, aby mlýn v roce 1962 od Zdeny Petříkové zakoupil Miloš Janoušek (viz
https://www.vodnimlyny.cz/mlyny/objekty/detail/864-mlcen). Později si všimli stavby a její unikátnosti památkáři a 3. prosince 1987 došlo k jejímu zápisu do státního seznamu kulturních památek (viz
https://www.pamatkovykatalog.cz/vodni-mlyn-mlcen-2145749). Sama mlýnská budova, jež dnes náleží Zuzaně Janouškové, Karolíně Kelinové, Tereze Orltové a Kateřině Pražákové, je poměrně v dobrém stavu, o mnoho horší jsou přilehlé stavby, zejména původní stodola, jež v roce 2013 přišla o střechu a od té doby je v havarijním stavu (viz
https://www.pamatkovykatalog.cz/stodola-torzo-18051001). K tomu ještě dodejme, že mlýn je známý též literárně. Karel Hynek Mácha jse situoval své "Cikány" (viz
https://www.mestomseno.cz/informace-pro-turisty/turisticke-trasy/popisy-mist/mlcen/), mšenský učitel Ludvík Unger děj knihy "Mlýn v Mlčení. Původní vlastenecká povídka ze 17. století" a pověst o mlýně zmiňuje i Václav Vladivoj Tomek v díle "Ze zášeří českých hradů. Sbírka historických a lidových hradních pověstí".
Naproti přes silnici pod strmým skalním ostrohem, kde bývala již zmiňovaná kaplička, nalezneme ve skále malou sluj a u ní výše vysekaný otvor s dřevěným krucifixem a opodál u tzv. Mlčeňské cesty litinový krucifix na pískovcovém soklu, o němž se vypráví, že vznikl na památku toho, že se zde uzdravila z vážné nemoci manželka mladoboleslavského lékárníka Julie Vitásková, roz. Kühnelová. Kříž vzhledem ke svému umístění býval často terčem různých vandalů, případně byl poškozen při svážení dřeva či jiných pracích v lese nebo na silnici. Povalený a rozbitý kříž byl opraven v roce 1975, aby dopadl stejně v 90. letech 20. století, přičemž došlo k odcizení původního litinového kříže. Další oprava byla provedena roku 2003, a to díky občanskému sdružení Pšovka - okrašlovací spolek Kokořínska, jež tu zřídilo i informační panel (viz
http://www.psovka.cz/cz/realizace/krizky-a-skalni-vyklenky/mlcen_-krizek).