Muzeum J. A. Komenského v Naardenu se oficiálně jmenuje Comenius Museum. Nachází se v severovýchodní části města v místě, kde je také pochován Jan Amos Komenský.
Komenský prožil posledních 14 let svého života v Nizozemí a byl pochován v Kapli valonského kostela v Naardenu. Počátkem 19. století byl kostel zrušen a na hrob se nějak pozapomnělo. V roce 1929 byly jeho ostatky Komenského znovu objeveny a za spolupráce nizozemského a československého státu byla kaple upravena jako vzpomínkové místo, jehož interiér vybavili čeští umělci v roce 1937.
Muzeum v současné podobě vzniklo v roce 1992. Od 24. května 2006 je zde umístěna stálá expozice Vivat Comenius s podtitulem Posel vzdělanosti, lidskosti a tolerance. Snaží se ukázat Jana Amose Komenského z netradičního úhlu a podnítit zájem o jeho rozsáhlé dílo a nadčasové myšlenky. Je možné zde také shlédnout obrazovou projekci, která doplňuje vystavené exponáty.
Muzeum každoročně pořádá různé výstavy a má také vlastní knihovnu s původními výtisky knih Komenského a literatury o něm.