Původně románský, renesančně a barokně přestavovaný kostel stojí na místě někdejšího kostela svatého Kosmy a Damiána, kde byl zavražděn kníže Václav svým bratrem Boleslavem. Baziliku sv. Václava založil r. 1039 český kníže Břetislav I., podle Kosmovy kroniky byl vysvěcen 19. V. 1046. Původní kostel sv. Kosmy a Damiána byl včleněn do současné stavby. Za dobu své existence prošel několika úpravami - např. ve 12. století, za Karla IV., v pol. 15. století, renesanční prvky byly přidány na konci 16. století. Za třicetileté války byla jedna z věží pobořena a kostel vyhořel. Hned nato začala jeho obnova v barokním stylu, kdy věž dostala cibulovitou kupoli, vybavení kostela je částečně původně barokní, částečně je kostel dovybaven v průběhu 18. století mobiliářem ze zaniklých či zrušených kostelů v okolí. Poslední větší opravy kostela se udály v roce 1929 v souvislosti s výročím smrti sv. Václava. Opravou kostel prochází i v roce 2017, kdy se v kostele neslouží žádné mše ani obřady.