Někteří autoři kladou počátky kostela ve Štětí do roku 1300, např. jde o Friedricha Bernaua (narozeného jako Přemysl Bačkora), ale první dochovanou zmínku o něm máme až z roku 1352, kdy je jmenován ve vizitačním prookolu českých farností. V témže roce bylo odsud odváděno 24 grošů papežského desátku. Tehdy měl podací kostelní vlastník mělnického hradu a sám kostel náležel pod boleslavský archidiakonát a mělnický dekanát. Roku 1365 nastoupil po zemřelém plebánu Markvartu kněz Jiří. V roce 1377 zemřel i ten a jeho úřad převzal kněz Bartoloměj. Roku 1380 nacházíme v soudních aktech ještě zmínku o plebánu Bartoloměji, pak o něm prameny již mlčí. V roce 1393 si zdejší plebán Mikoláš směnil faru s plebánem Epifanem z olomoucké diecéze. Roku 1397 došlo k podobnému kroku, když plebán Epifan nastoupil na místo plebána Bartoše z Medvědic a opačně. Ze soudních akt z roku 1406 máme zmínku o plebánu Tomáši. Ten si o rok později směnil faru s Václavem z Lobkovic. V roce 1425 podal král na zdejší faru kněze Jana, jenž měl nahradit zemřelého plebána Matěje, avšak obsazení bylo pouze formální, protože byl "přístup nemožný". Někdy poté fara zanikla a byla obnovena až po ukončení husitských válek.
Sám kostel měl vyhořet během 1. poloviny 15. století a obnoven měl být roku 1452, a to opět pouze jako dřevěná stavba. Různá poškození měl utrpět také během mnoha povodní, jež tuto lokalitu od nepaměti sužovaly. Další ránu pro něj znamenala třicetiletá válka, a to zejména v roce 1620, kdy v něm rabovali protestanští vojáci, ale i po jejich odchodu nebylo lépe, neboť císařští se k němu nechovali lépe. Obnova chrámu Páně byla zahájena Vilémem Slavatou z Chlumu a Košumberka (viz
https://cs.wikipedia.org/wiki/Vilém_Slavata_z_Chlumu_a_Košumberka), který byl v té době zástavním držitelem mělnického panství a tím pádem rovněž zdejšího patronátu. Nejspíše kvůli nedostatku peněz a vzhledem k dalším palčivým poválečným problémům však byl vybudován mnohem menší kostel, protože při opravách po povodních roku 2002 byly objeveny základy původního chrámu Páně a ty byly větší, než je dnešní kostel. Netrvalo však dlouho a svatostánek opětovně zanikl, protože při povodni v noci z 28. na 29. března 1784 ho smetly plující kry a na svém místě zůstala stát pouze opuková věž zvonice.
Již 22. července téhož roku byl slavnostně položen základní kámen nového kostela, jenž vznikl nákladem Marie Josefy Ludmily kněžny z Lobkowicz, roz. Czerninové z Chudenic, která se stala majitelkou Mělníka a Hořína po smrti svého otce Františka Antonína hraběte Czernina z Chudenic v roce 1739. Jeho stavba byla dokončena následujícího roku, protože k jeho posvěcení mělo dojít 28. října 1785. A tehdejší vrchnost využila josefinského období, kdy docházelo k rušení mnoha kostelů a klášterů a část vybavení sem byla zakoupena z těch pražských. Hlavní oltář sem měl být přenesen z jezuitského kostela sv. Václava na Malostranském náměstí, lavice z kostela sv. Františka při Anežském klášteře, i když jinak byly základem jeho zařízení stále ty z původního chrámu Páně, jež se podařilo zachránit. Někteří autoři tvrdí, že byl poškozen též při požárech města v letech 1788 a 1851. Roku 1930 byl objekt zrestaurován malířem, architektem a sochařem Jaroslavem Majorem a tyto práce byly doplněny dalšími v letech 1936-1937, kdy proběhly ještě dodatečné opravy interiéru, znovuzřízení varhan a restaurování paramentů. 1. září 1964 byl kostel zapsán do státního seznamu kulturních památek (viz
https://pamatkovykatalog.cz/kostel-sv-simona-a-judy-2166593). V roce 1985 došlo k opravě omítek. V letech 1998-2000 pak byla opravena střecha a následně došlo k interiérovým i exteriérovým opravám, jež narušila již jmenovaná povodeň roku 2002, díky níž musely být některé práce zopakovány, zejména šlo o opravy omítek, jejich vymalování, nátěry oken i dveří a zrestaurování dřevěné kazatelny a lavic. Tehdy vystoupala voda na 1,6 m nad dlažbu, zatímco třeba při povodni v roce 1845 to bylo pouhých 0,6 m.
Jde o jednolodní orientovanou stavbu o podélném půdorysu s odsazeným a segmentově zakončeným kněžištěm a hranolovou věží při západním průčelí. Všechna nároží jsou okosena a stěny jsou členěny lizénovými rámy. Segmentově zaklenutá okna mají ostění s lištou, na věži jsou však zaklenutá půlkruhem. Střecha je valbová a věž má stanovou střechu s lucernou a masivní špicí. Loď je plochostropá s fabiony, presbytář má českou klenbu s konchou. V západní části lodi je situována kruchta, podkruchtí má pruskou klenbu. Loď je zdobena freskami Josefa Kramolína, jehož malby nalezneme též na zdejších oltářích. Tyto fresky byly vesměs přemalovány při restauraci objektu roku 1930. Před západním průčelím je dvojice soch sv. Jana Nepomuckého, levá pochází ze 2. poloviny 18. století až z počátku 19. století a pravá vznikla v polovině 18. století. K jejich zrestaurování došlo v roce 1986.
Jak již bylo výše řečeno, tak na hlavním oltáři nalezneme obrazy Josefa Kramolína. Pochází z 2. poloviny 18. století, je mramorový a má pocházet z kostela sv. Václava v Praze. Nalezneme na něm sochy andílků se svícny a na rokajových křídlech jsou situováni další andělé. Levý boční oltář má malbu"Kázání sv. Jana Křtitele" z roku 1842 od malíře Augusta Bubáka z Bělé pod Bezdězem. Od téhož malíře má pocházet rovněž údajně obraz na druhém bočním oltáři a závěsné obrazy na stěnách lodi - levá klasicistní malba "Kázání Krista-dítěte" a pravý obraz "Kristus s apoštoly na Olivetské hoře" z roku 1845. Ve výklenku na jižní straně je pak dřevěný trojdílný oltář ze 16. století (většinou je datován do období let 1520-1530) s reliéfními polychromovanými řezbami podle rytin Albrechta Dürera (levé křídlo má řezbu "Svoření Evy", uprostřed je "Snímání z kříže" a pravé křídlo obsahuje řezbu "Křest Kristův", přičemž v dolní části je navíc ještě malý reliéf "Poslední večeře". Ten sem byl přenesen z kapličky u papírny. Pozdně barokní dřevěná kazatelna pochází z 2. poloviny 18. století, kamenná křtitelnice js reliéfními akanty a mušlovitou nádrží je z 1. poloviny 18. století a za zmínku stojí i soška Madony s Jezulátkem v zasklené skříňce u triumfálního oblouku z 2. poloviny 18. století. Výrazným interiérovým zařízením jsou pak skvostně vyřezávané dubové lavice, které pocházejí z kostela sv. Františka v Praze. Původní varhany zhotovili v roce 1794 vrchlabští varhanáři Ambros a Franz Tauchmannovi, i když některé zdroje hovoří o tom, že je tento nástroj starší o 2 roky. Roku 1913 pak firma Rejna-Černý z Královských Vinohrad vestavěla do původní skříně nový nástroj (viz
http://www.varhany.net/cardheader.php?lok=3538).
Před 1. světovou válkou měl kostel čtveřici zvonů, z nichž tři zvony - "Jesus Christus Salvátor" z roku 1626 o hmotnosti 1 020 kg a s českým textem: "LETA PANIE 1.6.26.ZAWRCHNOSTI WYSOCZE VROZENEHO PANA PANA WYLYMA SLAWATY SWATE RZIMSKE RZISSE HRABIETE AWLADARZEDOMV HRADECZSKEHO ZCHLVMYA Z KOSSMBERKA PANA NA KOSSMBERGCZE HRADCZY TELCZY A NOWE BYSTRZICZYA ZAMKV MIELNICZE NAD LABEM.G.M.C.TEYNE RADDY A KOMORNIKA KRALOWSTWI CZESKEHO A WYSOCZE VROZENE PANI PANI LVCZYE OTTYLYC SLAWATOWE HRABINKY ROZENEZHRADCZE PANI NA KOSSMBERGCZE HRADCZY STRAZI TELCZI NOWE BYSTRICZY A ZAMKV MIELNICZE NAD LABEM SLYTGEST ZWON TENTO KECZTY ACHWALE PANV BOHY WSSEMO:HAVCZYMV ODEMNE TOMASSE FRYCZE ZWONARZE MIESTIENINA MIESTA RAVDNICZE NAD LABEM ATO DO MIESTYS SSTIETIHO KZALOZIENI CHRAMV SWATEHO SSIMONA IUDY ZA SPRAWY IANA KVLIKYPRYMASA AVRZEDNIKVW ZADVSSNICH RZEHORZE BYKSY GIRIKA ZAMECZNIKA. G.K.P.SS WACZLAW KOSSTIALYK WACZLAW SSMID ZAPOWINOSTI RYCHTARZSKE.", že byl pořízen k založení chrámu do města Štětí hrabětem Slavatou, "Ave Maria" z období před rokem 1888 o hmotnosti 128 kg a umíráček z počátku 20. let 20. století o hmotnosti 89 kg - byly zrekvírovány za 2. světové války a v kostele zůstal pouze malý zvonek "Sv. Josef", jenž byl zavěšen v sanktusníku. Zvon "Jesus Christus Salvátor" byl po osvobození od německých okupantů vykoupen a 31. srpna 1947 usazen zpět na své místo, takže tu nalezneme zavěšené 2 zvony (viz
https://rkc-stetsko.cz/steti/). Kdy se zde konají bohoslužby, tak to lze dohledat na tomto webu:
https://katalog.dltm.cz/web/chramy/286.