Zdejší vrchností zřízený vodní mlýn existoval na tomto místě již v 16. století, pokud ne již dříve, protože v listinách ohledně doksanského mlýna z 27. července 1533 je zmíněn jako přísežný Václav, mlynář z Roudnice. Stejně tak se objevují zmínky o roudnických mlynářích v listinách z let 1517 a 1523. Jistě je doložen zmínkou v urbáři z roku 1592. Tehdy se zde nacházely 2 mlýnice, přičemž první zahrnovala 11 moučných kol a 6 stup a druhá 4 kola a 6 stup. Povinnost mlít zde mělo 513 obyvatel z nejbližších vesnic a osad. Ročně tak vynášel 713 kop a 20 grošů míšeňských. Jeho součástí byla též pila na sousedním labském ostrově, jež se skládala z domku pro pilaře a kolny na prkna. Ta vynášela ročně 646 kop a 56 grošů míšeňských. Roku 1616 pak najala obec od Polyxeny z Lobkovic mlýn s valchou a brusírnou, ale bez vodárny, pily a slupi, a to smlouvou ze 16. května téhož roku na 3 léta za 2 000 kop míšeňských ročně. Ale po roce 1619 nebyl nájem obnoven, nejprve snad kvůli tomu, že si roudnický purkmistr Jan Ölsner jako správce mlýna hospodařil do své kapsy, později proto, že nastaly problémy ohledně vyúčtování pachtovného a jeho správného odvádění. Jiné zdroje spíše hovoří o tom, že se tak stalo kvůli následným válečným událostem. Roku 1630 zakoupila země po dlouhém jednání za účelem splavnění Labe oba jezy za 9 000 kop míšeňských s náhradou dalších 4 000 kop na upevnění mostu, otevřením jezů ohroženého. Peníze byly sice vyplaceny, ale k splavnění kvůli saskému vpádu nedošlo. Teprve roku 1636 byly obnoveny práce, ale ke zrušení jezů nedošlo.
Později se začaly plánovat úpravy řeky kvůli jejímu lepšímu splavnění. Staré jezy však byly nakonec zbořeny až v roce 1737. O rok později je následoval též dosavadní mlýn, který měl být nahrazen novou budovou. Její stavba byla smlouvou ze 7. ledna 1738 zadána políru Václavu Školovi (podle některých materiálů Škodovi) a vybudování mlýnského zařízení přísežnému pražskému mlynáři Jakubu Lískovcovi. Oba měli za úkol vystavět mlýn na 4 složení (4 hřídele, žlaby a stavidla, desetiloketní kola) a vodárnu, a to za pouhých 12 týdnů. Za model a dohled při stavbě bylo slíbeno mlynáři 100 zl., políru 594 zl. Základní kámen s dvojicí stříbrných tabulek s latinským a českým textem byl položen 11. června 1738. Stavební kámen byl lámán a přivážen z Brzánek, Přestavlk a Nelahozevsi. Hlavní práh pod vodou osadil s Lískovcem také Jan Mysliveček, přísežný mlynář zemský. Do konce roku byla zhotovena střecha a 12. prosince bylo zahájeno mletí v tzv. jednom složení. Dokončovací práce však probíhaly až do roku 1744. 20. února 1744 došlo ke konečnému vyúčtování. Jakub Lískovec a jiní mlynáři obdrželi 876,50 zl., V. Škola 988,38 zl. Vedle zedníka, kameníka, pokrývače, kováře, tesaře a dalších se stavbami spojených řemeslníků tu však pracoval také malíř, který za zhotovení znaku do kartuše ve štítě portiku obdržel 6 zl. a zlatník za pozlacovačské práce 1 zl. Úhrnem stavba mlýna i s utužením jezu, zřízením pátého složení a položení zdi vyšla na 12 477,38 zl. a čistý výnos byl vypočten na 1 450 zl. ročně. Za odměnu dostal Škola mlýn v Polepích a Lískovec v Dolních Beřkovicích, ale již v roce 1747 byl dán Lískovec zpět do Roudnice, aby udělal páté složení, stoupu na jáhly a druhou pilu, a Škola na jeho místo.
17. srpna 1762 pronajala vrchnost mlýn Josefu Náhlovskému a 1. února 1773 (některé prameny hovoří až o roku 1783) ho prodala Janu Kubíkovi za 1 500 zl. a 250 zl. roční renty, ale podržela si povinnost jej udržovat. Jeho stav a položení můžeme nalézt zejména v I. vojenském mapování z let 1764-1768 a jeho rektifikaci z let 1780- 1783 (viz
http://chartae-antiquae.cz/cs/maps/12812/?view=-46.15625,39.09375,6). Po smrti Jana Kubíka a vdovy po něm Doroty Kubíkové získal mlýn 3. listopadu 1809 Josef Kubík. Postupem času jeho dědici obdrželi do správy i opět chátrající jezy. 2. ledna 1819 koupil mlýn Jan Nápravník a 1. února 1824 ho získali do pachtu Václav a Alžběta Tišší. 10. ledna 1829 byl mlýn zakoupen Janem Václavíkem st. a Janem a Annou Václavíkovými. V roce 1843 byla k mlýnu s původním čp. 178 přistavěna znovu nová pila, která utrpěla spolu s mlýnem škody již o 2 roky později, když se Roudnicí prohnala velká povodeň, což můžeme vidět srovnáním indikační skici stabilního katastru z roku 1840 (viz
https://ags.cuzk.cz/archiv/openmap.html?typ=skicic&idrastru=RAK283018400) a jeho reambulace z roku 1875 (viz
https://ags.cuzk.cz/archiv/openmap.html?typ=omc&idrastru=B2_a_4C_6327_4). Poslední mlynář Jan Václavík, jemuž byl mlýn postoupen 25. července 1855, jej v roce 1862 celý znovu zrekonstruoval. Tehdy se staly jeho zdi hladkými, obdržely nárožní bosáž a rustiky. Bohatá štuková výzdoba byla omezena na štíty a rámy oken (kompletně byly všechny práce dokončeny až roku 1864). V roce 1863 byl jedním z vyjednavačů, kteří se domlouvali s Josefem Mánesem na zhotovení praporu pro roudnický zpěvácký spolek „Říp“ a jako vlastník objektu je zmíněn až do roku 1892.
Po velkých povodních, které město zasáhly počátkem září 1890 (6. září dosáhlo Labe 670 cm nad normál), bylo obojí zařízení značně poškozeno. 12. října 1892 byl mlýn zakoupen státem k účelům splavnění Labe a měl být zbourán. K tomu došlo až během stavby nového mostu, kdy byla také vybudována na původních základech kopie tehdejší barokní jednopatrové stavby s plochostropými místnostmi a klenutými sklepy (původní ráz mlýna byl zachován díky prof. Karlu Tolmanovi), která později připadla Čs. navigačnímu eráru, Správě vodních toků a v současnosti patří státnímu podniku Povodí Labe (dílny, kanceláře a byty) a od 1. září 1964 je památkově chráněna, protože byla zapsána do státního seznamu kulturních památek (viz
https://www.pamatkovykatalog.cz/mlyn-18400200). V roce 1956 došlo k opravě sklepů (památkáři uvádějí rok 1966, v dobovém tisku se hovoří o polovině 50. let 20. století) a další rekonstrukční práce byly zahájeny roku 1967. Pila znovu postavena nebyla a tím se vytvořilo místo pro dnešní odpočinkovou zónu, jež lemuje levý labský břeh. V roce 1975 byl vyhotoven stavebně historický průzkum, po němž proběhla řada různých oprav a změn.