Holice byly zmíněny jako farní obec již ve 14. století, v tehdejších dokumentech jsou zapsány jako Holicz sive Eklinivilla (1349) a Helycz (1350-1351). Založení, panství a podací měly stejné jako v Ředicích (dnes Horních Ředicích) a před rokem 1421 se dostaly do rukou pánů ze Šternberka, resp. nejznámějšího z nich - Aleše Holického ze Šternberka, jenž nejprve sloužil králi Zikmundovi Lucemburskému jako součást strany podjednou, ale zmíněného roku přistoupil k Pražanům a dal na svých statcích průchod víře podobojí. Jedním z prvních známých plebánů byl Přech, který si v roce 1392 změnil místo s plebánem u sv. Petra v Hradci Králové, jehož jméno se však nedochovalo. Tato zmínka je rovněž důkazem o existenci zdejší fary.
Jako tomu bylo v tehdejších dobách obvyklé, tak byla i původní fara postavena ze dřeva, takže podléhala různým zkázám v podobě válečných událostí nebo požárů města, čehož může být velký požár roku 1680, kdy fara úplně shořela, přičemž velkou opravou prošla v roce 1618. To již byla delší čas ve správě římskokatolické církve, neboť během českého stavovského povstání zde sídlili faráři podobojí. Ovšem v neklidných dobách závěru třicetileté války, kdy byl nedostatek kněží, tak nebyla zdejší fara potřeba a většinou byly Holice administrovány odjinud. V letech 1636-1638 byla holická fara obsluhována roveňským farářem P. Kašparem Florianisem, na něhož si místní stěžovali pražskému arcibiskupovi, že od nich požaduje vysoké platy za místa na hřbitově i za další služby. V letech 1641-1642 došlo k další opravě fary. Podle počtu obecního za tyto roky na ni byly vynaloženy 2 kopy, 18 grošů a 3 denáry, z nichž 1 kopa a 44 grošů byla za nové dveře a podlahu. Kolem roku 1642 byl farářem Benedikt Moravský. Na něho si zdejší obyvatelé naopak stěžovali, že vykonává služby Boží jen jednou za 7 neděl a raději je odjíždí konat jinam. Zároveň se jim nelíbilo, že faru ovládla jeho zlá sestra a opět bylo za pohřbívání požadováno tolik, že na ně mnoho holických obyvatel nemělo, a tak pohřbívali nebožtíky na drahách, v polích a dokonce v lese. Přehled tehdejších holických farářů nám přináší kniha "Pardubicko, Holicko, Přeloučsko", v níž se píše toto:
"Blízko zvonice stojí kamenná jednopatrová fara, za níž zahrada mírně se svažuje, tak jako za kostelem, k potoku. Do r. 1666 byla dřevěná o dvou světnicích, nynější kamenná postavena r. 1734.
Faru zdejší spravovali: Leopold 1364 (pak far. ve Chvojně, Filip r. 1372, Přech 1391. Později byli tu faráři podobojí: Michal, kaplan, na něhož pán z Pernštýna žaluje u konsistoře podobojí, že z místa utekl a s manželkou živého muže po Moravě se toulá a jenž pak trestán za vše žalářem r. 1545; Jan Městecký, který postoupil r. 1565 hon pole za Březinou sboru literáckému na věčné časy, Matouš 1574, Ondřej Pražský 1597, Jan Spickonedius (Špička) Staroboleslavský r. 1599-1617. Dále se uvádějí: 1624 Tobiáš Faber Telecký, 1642 kvardián Ant. Rulikovský, 1665 Jiří Černčický, 1669 Fr. Skala, 1670 Fr. Řehák, 1686 Václav Reinwetter (pochován v kostele před oltářem P. Marie r. 1713), 1713 Dav. Štěpánovský z Ehrenbergu ( † 1716 a pochován v kostele holickém u oltáře sv. Jana Nep.), 1716 Václav Tichý, vikář, 1753 admin. Jgn. Roček a 1753-1793 farář Daniel Alex z Lovoce (byl láskyplný a zemřel ve věku 87 let), 1793 admin. Václav Pivečko, 1795 far. Ondř. Kubín, 1812 admin. Fr. Lorenc, 1813-1819 far. Fr. Matějka, professor theologie, 1819 admin. Jos. Preclík a 1819-1830 far. Josef Zumpfe, 1830 admin. Frant. Vilímek, 1830-1832 far. Ondř. Macas, rodák holický, 1832-1833 adm. Frant. Semonský, 1833-1850 far. Karel Štěpánek, 1851 admin. Jan Ruda a 1851- 1852 far. Jan Dvořák, 1853-1863 far. Jan Novák, 1863 admin. Ant. Čižinský, 1864-1874 far. Jakub Jindra, rodák litomyšlský, jenž byl poslancem na zemském sněmu za Litomyšl a Poličku, vikářem a děkanem a odpočívá na hřbitově holickém za kapličkou, od 14. listopadu 1874 far. Frant. Mikeš, jenž odkázal 2400 zl. Holicům na církevní věci a opatrovnu, 1894-1901 Podhajský, 1902 Ferd. Zajíček. (Narodil se 1849 v Lhotě Hlásné u Jičína, kdež jeho otec byl učitelem, v našem okresu kaplanoval 1 rok v Dašicích, 7 1/2 roku byl farářem v Býšti a jest nyní vikářem pardub. vik.)"
Další fara byla vybudována opět ze dřeva, což vidíme ze zápisu v tereziánském katastru z roku 1713, kde se píše: "Byt: Celý dřevěný a sešlý a tak neforemně stavěný, že, aby farář nemusil vždy s čeledí zůstávati, pro něho z kůlny pokojík sformovaný jest.". Obyvatelé na tuto stavbu museli vozit dříví z královéhradeckých a třebechovických lesů, což vyvolávalo velkou nevoli, jež byla korunována tím, že kdosi tehdy napsal na kostel červenou hlinkou: "Kněže, budeš-li nám tak chudým lidem k robotám dopomáhati, spálíme tě i se vším." Teprve roku 1734 došlo k jejímu přebudování, a tak vznikla kamenná farní budova, ale již v roce 1758 byla pruskými vojsky vyrabována a poničena. Roku 1787 obdržela fara čp. 94 a teprve v roce 1859 získala současné čp. 7.
Nejznámější je fara díky tzv. modrému pokoji, k němuž se váže řada historických událostí. 22. srpna 1836 byl na faře pohoštěn císař František I. Dobrotivý se svou manželkou Marií Annou, který projížděl Holicemi ke korunovační slavnosti v Praze. Zároveň se zde pořádaly hostiny po biskupských vizitacích, z nichž jedna se stala přímo památnou, když zde královéhradecký biskup Msgre. Edvard Jan Nepomuk Brynych povstal, pozvedl číši vína a vyzval všechny přítomné, aby si s ním připili "by se koruna svatováclavská zaleskla na hlavě jeho veličenstva". Ti povstali a s nadšením vyprázdnili své poháry. Velká oprava fary byla provedena teprve v roce 1897, kdy byla rovněž zevnitř i zvenku natřena.
Další opravy objektu proběhly také v následujících údobích. Při jedné z nich našel v roce 1930 farář P. František Anděl na půdě fary obraz sv. Anny, který do roku 1893 býval na oltáři ve zdejším kostele. Nechal ho zrestaurovat a navrátil ho zpět do chrámu. 1. května 1956 byla v její části otevřena pamětní síň Dr. Emila Holuba, jež se odtud přestěhovala o 10 let později do nově vybudovaného Památníku Dr. Emila Holuba, který byl otevřen 30. dubna 1966. Jednou z posledních výrazných rekonstrukcí domu byla oprava střechy a výměna její krytiny, k níž došlo roku 2014.
Několikrát v historii se někteří lidé pokusili o vyhlášení fary za kulturní památku, k čemuž zatím nedošlo. Snad se dotčené orgány řídí slovy P. Josefa Nechvíle, jenž o objektu napsal již v roce 1880 toto: "Farní stavení blíže školy stojící neskytá nic památného." Přesto zmínku o ní najdeme na webu památkářů:
https://pamatkovykatalog.cz/fara-2342255. Na závěr ještě zmiňme to, že pod podlahou bývalé farní kuchyně je ukrytá kolem 5 m hluboká studna.