Zdejší fara je připomínána již ve 14. století, přesněji k roku 1384, kdy bylo odtud odváděno 12 grošů papežského desátku. Podací právo náleželo jako zakladateli doksanskému klášteru, který získal většinu vsi podle listu krále Přemysla Otakara I. v roce 1226, ale předpokládá se, že kostel existoval v Bohušovicích nad Ohří již po roce 1150. Během husitských válek došlo k poničení kostela a opuštění zdejší fary, jíž později ovládali faráři podobojí a utrakvisté. Roku 1631 byl kostel poničen a vypleněn. Co šlo, to bylo odcizeno, když vpadl do země bývalý císařský polní maršál Hans Georg von Arnim-Boitzenburg, který působil v saských službách. Podobně se tak mělo stát o 2 a 3 roky později. V té době již náležel opět římským katolíkům a byl od roku 1623 spravován doksanskými premonstráty, např. v roce 1626 byl zdejším farářem strahovský premonstrát P. Tobias Stambuch a roku 1629 P. Michael Funk. Po zničení kostela, fary i celé vsi v roce 1638 zůstala zdejší fara dlouho neobsazena. Roku 1644 byl sice kostel částečně obnoven, ale teprve v roce 1668 se zde za doksanského probošta P. Cyrilla Hoffmanna konaly 1x měsíčně služby Boží, které sloužil premonstrát P. Thomas Lango z Teplé. Od té doby měli v Bohušově nad Ohří pastorační činnost premonstráti, o čemž hovoří i farní pamětnice z roku 1671. V letech 1686 a 1693 došlo k vyštafírování vnitřního zařízení kostela. Později na něj nebyl dlouhý čas brán přílišný zřetel, a tak postupně chátral. Nakonec byl zbořen, až na věž, a postaven nový kostel, jehož budování bylo završeno roku 1716, kdy 4. července došlo k benedikci chrámu Páně a 15. září byl vysvěcen hlavní oltář. Někteří autoři uvažují o tom, že tvůrcem jeho plánů mohl být stavitel Octavio Broggio nebo někdo z jeho okruhu. Za sedmileté války v roce 1757 byl kostel opětovně poničen, tentokrát pruskými vojáky, kteří si z něj odnesli některé vzácnější věci. Při josefinském rušení klášterů hrozilo roku 1782 zrušení bohušovického kostela, ale strahovský opat J. M. Václav Josef Mayer dokázal to, že většina inkorporovaných chrámů Páně fungovala dál. Po osvobození od německých okupantů došlo k jeho opravě. 28. srpna 1964 byl objekt zapsán do státního seznamu kulturních památek (viz
https://pamatkovykatalog.cz/kostel-sv-prokopa-a-mikulase-12308761). V roce 1774 byly do kostela přesunuty 2 starší oltáře z klášterního kostela Narození Panny Marie v Doksanech. Roku 1846 došlo k opravě kostela a v roce 1855 byl vyštafírován oltářní tabernákl. 14. června 1953 se konala v kostele slavnost Božího těla s průvodem kolem kostela, ale bez stavění oltářů. Po vítězném únoru 1948 přestala postupně výrazná péče a zájem o stav kostela. Problémem však byly i časté povodně, jež ho často poničily. Jedna z nich ho zasáhla v roce 2002, po níž začaly o rok později nejnutnější opravy, které skončily roku 2005. V roce 2004 tak došlo např. k zrestaurování hlavního portálu a roku 2017 byla provedena oprava hlavního oltáře.
Současný objekt je jednolodní obdélnou stavbou s odsazeným pravoúhlým presbytářem s rizality na bocích, s valbovou střechou s osmibokým sanktusníkem a v ose západního průčelí je situována hranolová věž s jehlancovou střechou, která převyšuje loď o zvonové patro. Ve středu věže se nachází hlavní vchod s kamenným portálem s erbem místního proboštství a znakem doksanského konventu a s nápisem: "NVMINI SACRO ET DIVO PROCOPIO REGNI NOSTRI PATRONO", v němž se ukrývá chronogram (1716) a na hlavní římse po stranách věže jsou situovány pískovcové sochy sv. Mikuláše (vpravo) a Prokopa (vlevo). Vnitřek chrámu Páně je pak zaklenutý trojicí plackových kleneb, z nichž ta střední je největší z nich. Prolamovaná varhanní kruchta s kuželkovým zábradlím na dvojicí pilířů je přistavěna z věžové části a právě z věže je rovněž přístupná. Na jižní stěně u okraje chóru je pak kámen s pamětním nápisem: "Hunc lapidem fundamentalem benedixit Josephus praelatus Doxanensis A. MDCCXVI.", který připomíná zásluhu probošta P. Josefa Míky na vybudování kostela (viz
https://www.farnostdoksany.cz/en/node/61).
Barokní hlavní oltář pochází z období, kdy byl vystavěn současný svatostánek. Skládá se ze zděné menzy s dřevěným obkladem, na němž jsou obdélníkové výplně. Tabernákl je dvojitý s jednoduchými železnými dvířky. Široký vyřezávaný rám představuje anděly prostoupená oblaka a obklopuje obraz Apoteóza sv. Prokopa z období mezi lety 1716-1718 od premonstrátského malíře Siarda Noseckého (vl. jm. František Kristián Ezechiel Nosecký) a pokračuje aureolou s obrazem Ježíše Krista s křížem. Dvojice bočních oltářů z umělého mramoru obsahuje dvojici sloupů s vysokým prolamovaným a uprostřed vzhůru prohnutým kladím, nesoucím nástavec a trojici andělů. Podle všeho od stejného autora jako kazatelna. Na severní straně je oltář sv. Mikuláše a na jižní straně oltář sv. Josefa s obrazem téhož od místního faráře P. Huga Seykory z období kolem roku 1850. Listovím a anděly zdobená kazatelna z umělého mramoru měla být zhotovena u Johanna Wilhelma Hennevogela v Praze v roce 1777 za 300 zlatých. Dřevěná křtitelnice s balustrovitou a listovým reliéfem zdobenou kamennou nohou má měděné víko a na vrcholu čtveřici dřevěných volut a polychromovanou plastikou sv. Jana Křtitele a z vročení na podstavci můžeme zjistit, že vznikla v roce 1716. Obraz sv. Rodiny v bohatém rokokovém rámu s řezanými rokajovými křídly pochází z poloviny 18. století, stejně tak Pieta, Krucifix, sv. Jan Nepomucký a sv. Josef s Ježíškem. Původní varhany vznikly před rokem 1694 a v roce 1718 byly přeneseny do kostela sv. Jiljí v Dolánkách u Roudnice nad Labem. Nové varhany zhotovil roku 1716 Leopold Spiegel z Prahy a v roce 1731 byly opraveny varhanářem, jehož jméno se nedochovalo, i když někteří doboví němečtí autoři hovoří, že mělo jít o jejich tvůrce. Kolem roku 1750 vznikl další nástroj, jenž byl zhotoven Norbertem Christophem Starkem a opraven byl v letech 1803 (Anton Rusch), 1823 (Anton Rusch), 1880 (Ferdinand Guth), 1912 (Karel Urban), 1945 (Gerhard Schaller) a 1992 (Karel Zadák, viz
http://www.varhany.net/cardheader.php?lok=2258).
Původně byla v kostele čtveřice zvonů: první o průměru 0,9 m s reliéfem sv. Prokopa z roku 1714 (v chronogramu měl být rok 1715) s nápisem: "FVSA ET SACRATA IN HONOREM DIVI PROCOPI. PRO AEDE SACRA ET PLEBE IN BOVSSOVITZ TEMPORE IOSEPHI PRAELATI", jenž byl zrekvírován v roce 1916; druhý o průměru 0,68 m s reliéfem sv. Mikuláše a s textem: "FVSA ET ELABORATA IN HONOREM DIVI NICOLAI. PRO AEDE SACRA ET PLEBE IN BOVSSOVITZ TEMPORE IOSEPHI PRAELATI" z téhož roku jako první zvon, který byl zabaven pro válečné účely též roku 1916; třetí o průměru 0,52 m s reliéfem Panny Marie z 6. listopadu 1663 s horním delším latinským nápisem a dolním textem: "GOS MICH NICOLAVS LÖW IN PRAG.", jenž byl zrekvírován v roce 1942 (v některých zdrojích je uváděno, že pocházel z let 1660 nebo 1667), a čtvrtý zvon z roku 1881.