První porady o zřízení vlastní evangelické školy se uskutečnily v roce 1862. Původně totiž chodily děti evangelického reformovaného vyznání do katolické školy v Černilově, což vyvolávalo řadu problémů a konfliktů. Když jednou tamní učitel praštil evangelického žáka pravítkem přes hlavu tak, že měl zakrvácené ucho, protože nesmekl před sochou sv. Jana Nepomuckého, stojící před školou, odhodlali se místní evangelíci zřídit vlastní školu.
Stavební místo pro ni získali nedaleko kostela a fary, když zakoupili pozemek o velikosti 420 m2 za 210 zlatých. Úřední komise se konala 16. října 1863 a povolení místodržitelství bylo vydáno 20. března 1864. Plán ke stavbě zhotovil presbyter Josef Valášek, tesařský mistr ze Smiřic. Z každého evangelického stavení mělo být dáno na stavbu 9 zlatých a zbytek měl být rozvrhnut podle c. k. daně. Základní kámen byl položen 25. dubna 1864, v září téhož roku byla ukončena stavba budovy a vyučování v ní bylo zahájeno 11. října téhož roku, kdy školu navštěvovalo 72 dětí. Prvním učitelem se stal Jan Rychetský, který sem přišel 28. září 1864 z Choustníkova Hradiště. Stavba školy vyšla na 3 912 zlatých 21 krejcarů a k jejímu slavnostnímu vysvěcení superintendentem Janem Veselým z Kláštera nad Dědinou došlo 17. října 1864. Za tuto stavbu obdržel černilovský sbor zvláštní pochvalu, a to výnosem c. k. vrchní evangelické církevní rady z 24. listopadu 1869 čís. 1089. Výnosem c. k. okresní školní rady v Hradci Králové ze 25. července 1870 čís. 4458 byla evangelická škola prohlášena za konfesijní. To z toho důvodu, že kdyby se stala klasickou obecnou, tak by její evangelický duch byl z ní vytlačen a nahrazen konkurenčním římskokatolickým, což se ukázalo v řadě obcí po celých Čechách, kdy se z obecné školy staly spíše římskokatolické ústavy.
Zájem o návštěvu školy byl velký a počet žáků rostl rok od roku, takže dokonce překročil počet 120 míst, což bylo na školu až neúnosné. Žáci se nemohli do školní světnice vejít a učitel byl tímto množstvím doslova přetížen. Škola tak byla podobná spíše úlu a trhu než školnímu zařízení. Sbor se obrátil na c. k. vládu, aby udělila škole právo veřejnosti, což ministr kultu a osvěty učinil svým výnosem z 1. března 1874 čís. 2489. Následně bylo zvýšeno školné z 2 na 3 zlaté, díky čemuž začal učitel dostávat 500 zlatých služného na místo původních 300 zlatých. Problém, co udělat se školou, však nadále přetrvával, neboť půldenní vyučování nijak nepomohlo, při tak vysokém stavu žactva ani nemohlo.
Byly tak jen 2 možnosti, buď rozšířit školu o další třídu, nebo ji rovnou zavřít. V letech 1886-1887 tak byla nástavbou zvýšena na jednopatrovou budovu, aby se do ní vešla nejen druhá třída, ale rovněž konfirmační síň, byt pro vikáře a druhého učitele. Plán stavby zhotovil architekt František Červenka a jejím provedením byl pověřen zednický mistr Václav Rejchl. Plánovaný stavební rozpočet se z původních 8 186 zlatých 22 krejcarů zvýšil na 9 928 zlatých 33 krejcarů. Přesto byl sbor s novou školou velmi spokojen. K jejímu otevření a zahájení vyučování došlo 2. října 1887, kdy zde rovněž začal učit druhý učitel, jímž se stal Václav Vraný. I za tuto stavbu se dostalo sboru pochvaly, a to výnosem c. k. okresní školní rady v Hradci Králové ze 2. srpna 1890 čís. 1158. Téhož roku bylo zavedeno ve škole vyučování industriálním pracem, jež převzala dcera řídícího učitele Kornelie Rychetská.
V roce 1911 byl zasažen Černilov školní krizí, neboť katolicko-obecná škola již nevyhovovala pro vyučování stále vzrůstajícího počtu místních dětí, a to ve všech ohledech, nejen kapacitních, ale rovněž hygienických. A tak c. k. školní inspekce naléhala na novostavbu obecné školy, k čemuž se též přidala žádost o zřízení měšťanské školy v Černilově. Navíc okresní školní výbor nařídil redukci vyučování pro 2. třídu na 2,5 dne týdně. Obcí tak bylo rozhodnuto o stavbě monumentální budovy pro obě školy nákladem přes 200 000 K, na což měli místní evangelíci poskytnout 80 000 - 85 000 K. Toho se mnozí lekli a začali hovořit o tom, že by bylo nejlépe evangelickou školu zrušit, když si už mají zaplatit tu obecní. Někteří dokonce do ní přehlásili své děti (1. září 1912 bylo zapsáno do obecné školy 11 dětí evangelického reformovaného vyznání). Navíc 1. března 1912 byla zřízena pobočka při 3. třídě obecné školy a místnost pro ni byla najata právě v evangelické škole, a to za 200 K ročně.
Ke zrušení školy došlo nakonec roku 1919. 27. dubna 1919 se totiž usnesly spojené evangelické církve na tom, že její existence bude ukončena k 1. září 1919. Od té doby chodily evangelické děti do obecné školy a ta evangelická sloužila různým potřebám církve. Nebyla však již nikdy tak plná, jako když sloužila svým původním školním účelům. Obec ji chtěla od církve odkoupit, ale po řadě neúspěšných jednání z tohoto plánu sešlo, a tak se v roce 1922 jednalo o přístavbě školy, k níž rovněž nedošlo.
V roce 1960 přišla církev o svoji bývalou školu, kterou využívala zejména v zimě. Objekt byl opět využíván ke školním účelům a k různým potřebám MNV. Roku 1972 se zde například nacházela tzv. vyrovnávací třída dětí maďarské národnosti, jejichž rodiče pracovali ve zdejším JZD a ČSSS. Vyučovala je nově příchozí učitelka Milada Tomková. Obecní kronikář o nich tehdy napsal:
„Potíže s dětmi z maďarských rodin.
V roce 1972 byla založena při zdejší škole t. zv. vyrovnávací třída pro děti z maďarských rodin pracovníků JZD a stát. statku.
Do třídy chodilo 12 žáků. Tyto děti mají špatnou pracovní morálku, špatně mluví česky, nenosí pomůcky, hrubě se vyjadřují, nadávají učitelce. Jsou s nimi časté výchovné problémy. Ani rodiče nevěnují dětem pozornost.“
Roku 1997 dům opustila základní škola a následně byl vrácen sboru. V roce 2003 zakoupila objekt obec, která se rozhodla v něm zřídit kulturní a spolkový dům. 22. ledna 2003 byl objekt zapsán do státního seznamu kulturních památek (viz
https://pamatkovykatalog.cz/zakladni-skola-evangelicka-12258069), i když návrh na prohlášení památkou byl podán již v roce 1996. Roku 2009 vyhrála veřejnou zakázku na stavební úpravy školy firma Redomo a. s. HK. Podoba stavby zůstala zachována, byl obnoven i původní kalich a bible nad vchodem. Kulturní a spolkový dům byl slavnostně otevřen 8. listopadu 2009. Černilovští evangelíci se zde scházejí v zimním období. Na závěr ještě zmiňme, že se zde 22. února 1899 narodil Dr. Ing. Bohuslav Horák, manžel komunisty popravené poslankyně JUDr. Milady Horákové.