Tento kapucínský klášter založili společně poloviční Španělka Polyxena z Pernštejna a její druhý manžel Zdeněk Vojtěch Popel z Lobkovic, kteří uhradili veškerý náklad spojený s jeho zřízením. Roku 1612 bylo zvoleno místo pro jeho stavbu, jež přímo navazovalo na areál zámku. Problémem však bylo to, že se zde tehdy nacházela židovská čtvrt se synagogou a hřbitovem. Lobkovicové tedy domy vykoupili, nechali zbořit a jejich obyvatele přes velký odpor přestěhovali jinam, většinou šlo o severozápadní okraj města. Některé zemřelé si Židé i s náhrobky přenesli na svůj nový hřbitov, nicméně ještě o mnoho let později nacházeli kapucíni při obdělávání zahrady kosti, které pak předávali židovské obci k novému pohřbení.
K samotnému zřízení kláštera se váže historka o tom, jak kapucíni svými modlitbami a přímluvami u Boha způsobili, že Polyxena z Pernštejna, manželka nejvyššího kancléře, otěhotněla a porodila jediného syna, což se jí řadu let nedařilo, takže hrozilo vymření této větve Lobkoviců. Ale dejme slovo autorovi článku, který vyšel v roce 1934 ve 46. čísle „Belletristického týdenníku Zvon“:
„Zásluha sv. Vavřince z Brindisi o rod Lobkovický. Když se r. 1745 počalo jednati o beatifikaci tohoto neobyčejného muže, zakladatele a první hlavu české kapucínské provincie, oživla opět stará tradice o rodě knížat z Lobkovic. Zdeněk Vojtěch z Lobkovic, nejv. kancléř, sloup Říma za doby Rudolfa II, oženil se s Polyxenou z Pernštejna, vdovou po Vilému z Rožmberka, s níž sice získal Roudnici a jiné veliké bohatství, ale manželství ostávalo nepožehnáno. Modlili se, činili vroucí sliby, ale uplynula léta, potomstvo nepřišlo, paní již dobíhal padesátý rok i hrozilo této větvi rodiny z Lobkovic vyhynutí. Až přišli do Prahy kapucíni a s nimi P. Vavřinec, slynoucí již tehdá nejen učeností a výmluvností, ale především svatostí svého života. Pan kancléř s chotí nabyli k němu obzvláštní důvěry i žádali ho, aby prosil za ně Boha a P. Marii, aby se jim dostalo dědice. P. Vavřinec neodepřel vzácným příznivcům i konal vroucí pobožnost ve chrámě na Hradčanech před sochou P. Marie, uložil si na ten úmysl i tuhý půst. A tu užaslý, právě když klečel před Matkou boží pohroužen v modlitbách, uslyšel, ana socha promluvila: „Stane sem jak žádáš.“ Vskutku poté 30. ledna 1609 (právě v čas, kdy se počínal sněm o majestát, proti němuž se kancléř Lobkovic vzpíral, co nejvíce mohl) narodil se mu syn Václav, slavný potom ministr císaře Leopolda. Na poděkovanou uvedli potom manželé kapucíny do Roudnice a vystavěli jim tam kostel sv. Václava (Annál. kapuc. na Hradčanech XX. rok 1745, sp. 284, č. 6). Šimák.“
Když tedy bylo nalezeno místo, došlo k dalším přípravným pracem. V roce 1614 byla do Roudnice nad Labem vyslána k tomuto účelu dvojice kapucínů. Stavbu řídil P. Gabriel Bavarus jako "praesidens fabricae", jemuž je přiznáváno rovněž autorství dispozice areálu. 3. května 1615 byl arcibiskupem Janem Loheliem položen základní kámen. Délku stavby ovlivnily tehdejší události, jež hýbaly světem, a to zejména stavovské povstání a třicetiletá válka. K vysvěcení kláštera pražským proboštem metropolitního kostela a světícím biskupem Šimonem Brosiem z Horštýna, pod jehož jednolodním chrámem si nechali Lobkovicové zřídit hrobku, došlo 2. srpna 1628, přičemž sám jeho zakladatel Zdeněk Vojtěch Popel z Lobkovic zemřel již 16. června 1628 ve Vídni, odkud byl převezen do Roudnice a pohřben v již zmíněné rodinné hrobce. Do té doby působili kapucíni ve zdejším farním kostele. Během stavovského povstání došlo k radikalizaci části zdejšího měšťanstva, jež chtělo všechny Židy i katolíky vyhnat nebo dokonce povraždit. Stavovské direktorium však masakru naštěstí zabránilo.
Krásně o klášteře a jeho vzhledu koncem 19. století, kdy se tu pravidelně konaly každoroční pastýřské porady roudnického vikariátu, píše Dr. Bohumil Matějka v knize "Soupis památek historických a uměleckých v království Českém od pravěku do počátku XIX. století. IV. Politický okres Roudnický. Díl I.":
"KLÁŠTER kapucínský s kostelem sv. Václava založili Polyxena z Pernstejna a její manžel Zdeněk Vojtěch z Lobkovic; r. 1612 vyvoleno místo pro klášter, 3. května 1615 základní kámen položen od arcibiskupa Lohelia; téhož roku jmenován P. Gabriel Bavarus praesidens fabricae. Kostel byl vysvěcen 2. srpna 1628 a r. 1729 opraven.
Kostel jest jako ostatní klášterní budova zcela jednoduchý, umělecky bezvýznamný, s jedinou lodí (16.70 m dl. a 9 m šir.) a s kněžištěm (5.20 m dl. a tolikéž šir.). Stěny jsou hladké, okna pravoúhlá, klenba neckovitá, barokní oltáře slušné ale bezvýznamné.
Obraz Madonny s Ježíškem, na dřevě malovaný, 0.92 m vys. a 0.79 m šir. Do zlaté půdy jsou vtečkovány ornamenty, dva andílkové a na hořejším kraji nápis: LETHA . M . CCCCC . XIII DD.
Na rámu malé obrázky: Zvěstování P. Marie, Navštívení P. M., Narození Páně, Klanění se tří králů, Vzkříšení, Nanebevstoupení Páně, Korunování P. Marie, Smrt P. Marie. Ostatní plocha rámu je zlacená, tečkovaným ornamentem pokrytá. Celek velmi dobrá práce, v malých obrázcích na rámu karakteristická pro začátek 16. století (tab. IX.).
Dřevořezba představující sťatou hlavu sv. Jana Křt. na široké míse, na jejímž lemu obíhá nápis minuskulní, vztahující se k smrti sv. Jana Křt. (Evang. sv. Math. 14, 8) z polovice uražený. Hlava pěkně řezaná, v životní velikosti, s původní polychromií, pod ní letopočet 1501; mísa měří 0.78 m průměru (tab. IX.).
Deska kamenná v kněžišti zazděná, se znaky lobkovickým a pernštýnským, přenesená z portálu bývalého kostela sv. Václava; ze začátku 17. stol, 1.20 m vys., 1.15 m široká, běžná dekorativní práce.
Šest svícnů z děloviny plně litých, trojnožky 0.42 m vysoké, pěkné barokní úpravy i výzdoby, 17. stol.
Monstrance z měděného plechu postříbřená a pozlacená, asi 0.60 m vysoká, s pěkně tepanými ornamenty obloučkovými na noze, s kartuší a andělskými hlavičkami na záři, posázená velkými, barevnými skly.
V refektáři velká malba olejová na plátně, představující Ježíše Krista u Šimona na hostině, dosti dobře malovaná podle podobných obrazů benátských mistrů ze 17. stol.; Marie Magdalena, pěkně kostymovaná postava. V téže místnosti 11 obrazů s poprsími řádových světců.
Na chodbě pět podobizen dobrodinců kláštera, poprsí Václava, Ferdinanda, Filipa, Ferdinanda Filipa a Josefa Františka z Lobkovic."
Konvent byl rozšířen v letech 1717-1720 o budovy po obou stranách západního nádvoří, severní a východní křídlo kolem ambitu. V roce 1729 došlo též k opravě kostela. Mnohé věci pro klášter maloval Martin Světecký z Litoměřic. Když byla v letech 1758-1763 zřízena na zámku vojenská nemocnice, kapucíni převzali roli tamních kaplanů. Roku 1777 se stal kvardián P. Sulpitius dokonce knížecím archivářem a knihovníkem, přičemž tento úřad si podržel celkem 3 roky. Roku 1780 bylo v klášteře 21 řeholníků.
Ten, při němž existovala knihtiskárna, z niž vycházely katolické spisy, fungoval pod lobkovickým patronátem až do roku 1948, násilně byl rozehnán o 2 roky později. Tehdy tu našel první své útočiště místní lobkovický archiv, a to ve velkém a malém refektáři a na přístupové chodbě. V roce 1950 však klášter zabrala armáda a kostel sv. Václava, dříve významný starožitným obrazem Panny Marie na zlaté půdě (vznikl nejspíše po roce 1380, podle něho byl roku 1396 zhotoven obraz Černé Panny Marie Březnické, od roku 1939 je ve sbírkách Národní galerie v Praze), si přivlastnila v roce 1951. Obojí využívala až do 90. let 20. století, kdy získali areál kláštera zpět Lobkovicové. Od té doby je klášter prázdný a intenzivně chátrá, i když ještě před restitucemi bylo uvažováno o jeho různých využitích. Měl tu být např. umístěn archiv a uvažovalo se i o jeho přestavbě na hotel apod. Více o klášteře zde:
https://hrobka.kapucini.cz/subdom/hrobka/index.php/cz/49-klasterkapucinu/putovani-po-kapucinskych-klasterech/193-klaster-v-roudnici-nad-labem.