Stejně jako u mnohých dalších sakrálních objektů je prvním dokladem o jeho existenci soupis pražské diecéze, který byl pořízen v letech 1344-1350. V něm je popsán tento chrám Páně jako farní, z čehož nám vychází to, že se o něm nemluví jako o nově vybudovaném, takže byl vybudován mnohem dříve, ale jeho stáří můžeme jen odhadovat, většinou se autoři sejdou na 13. století a románském původu lodi. V té době náležel pod bydžovský dekanát a královéhradecký archidiakonát. Prvním po jménu známým plebánem byl kněz Bohdal, po jehož smrti byl v roce 1361 podán na jeho místo kněz Mikoláš. Nemohl zde vydržet dlouho, neboť již roku 1368 zastoupil zemřelého plebána Jana kněz Václav. S ním to bylo podobné, protože v roce 1371 rezignoval na úřad plebán Hašek a na jeho místo přišel kněz Jan, o němž máme zmínku ještě v soudních aktech z roku 1374. V roce 1393 za plebána Svaňka věnoval Václav z Vlkova kostelu 1 kopu úroku ze vsi Drahonic. Tento farář zemřel roku 1418, kdy ho zastoupil kněz Šimon. Za husitských válek byla fara opuštěna a po jejich ukončení byla osazena kněžími podobojí a posléze utrakvisty, kteří byli odtud vyhnáni po bělohorské bitvě, po níž se kostel stal na delší dobu pouhou kaplí. Tehdy asi zanikla rovněž místní fara, alespoň podle prof. Augusta Sedláčka. Muselo se tak stát ještě před zhotovením berní ruly v roce 1654. Během 18. století byl objekt zbarokizován (někdy kolem roku 1768, kdy byla opravena věž), ale největší proměnou prošel v roce 1857, kdy došlo k jeho novogotické přestavbě a rozšíření o boční lodi, u níž se uvažuje, že jejím autorem byl architekt Josef Míča. Stejně tak byla přebudována věž (viz
https://www.berunice.cz/obec-7/historie-obci/obec-vlkov-n-l/). Není to nic divného, neboť kostel býval cílem mariánských poutí, jež mířily kromě něj do chlumecké Lorety nebo do mlékosrbského chrámu Páně. 23. srpna 1898 měl kostel štěstí v tom, že se nachází stranou obce, neboť nebyl poškozen požárem, který si celkem vyžádal 14 vyhořelých stavení, tj. téměř polovinu Vlkova. V té době byl však již dávno pouhou filiálkou do Lužce nad Cidlinou (jednu ze zmínek o tom nalezneme roku 1757) a později připadl k Novému Bydžovu (viz
https://farnostnb.webnode.cz/kostely/). Během 20. století byl několikrát opraven, poslední větší rekonstrukce proběhla koncem 70. let 20. století. Naposledy se zde konaly bohoslužby v roce 1989. Když přestal být využíván, tak začal pustnout a chátrat. Jeho záchranu nabízela možnost v podobě památkové ochrany. Návrh na tento krok se objevil roku 2006, řízení k prohlášení za kulturní památku bylo zahájeno v roce 2013, datováno je pak 16. lednem 2014 a účinnosti nabylo 17. února téhož roku (viz
https://pamatkovykatalog.cz/kostel-sv-jana-krtitele-2174757). Od té doby probíhají postupné opravy, jež bývají podpořeny řadou akcí, např. Nocí kostelů a vánočními koncerty. Občasně se tu opět konají také mše svaté.
Jedná se o obdélnou orientovanou trojlodní stavbu s trojboce uzavřeným presbytářem a hranolovou věží s jehlancovou střechou před západním průčelím, jejíž přestavbu dokládá dochovaný nápis horního překladového trámu dubové vzpěradlové zvonové stolice pro trojici zvonů: "VĚŽ STAVĚNA L. P. 1868. OD STAVITELE FRANT. VENTURY." K severní straně věže s kamenným portálem je přistavěna dvoupatrová a sedlovou střechou zakončená hranolová přístavba se sakristií a dřevěným šnekovým schodištěm, po němž se dá dostat do věže a na kruchtu. Okna jsou hrotitá a stejně jako celý objekt byla upravena pseudogoticky, přičemž v západním průčelí je zazděn zlomek pozdně gotického ostění. Presbytář je sklenut valené, dvojicí hranolových barokních pilířů rozdělené trojlodí je naopak plochostropé. V západní části lodi je situována dřevěná varhanní kruchta.
Ze zařízení kostela je třeba vyzdvihnout rokokový hlavní oltář s vymalovaným erbem Kinských z Vchynic a Tetova (Vlkov připadl k jejich chlumeckému panství v roce 1521) z konce 18. století, jehož menza tumbovitého tvaru byla později oddělena, aby sloužila jako obětní stůl. Sám obraz sv. Jana Křtitele je novodobý a byl zhotoven pražským rodákem a žákem tamní akademie Josefem Mrňákem v roce 1853. Z konce 18. století pochází též soška Zmrtvýchvstání Páně. Ještě vzácnější je na dřevěných deskách vymalovaná Kalvárie, u níž se uvažuje, že byla původně umístěna na břevně vítězného oblouku a její původ máme hledat v 16. nebo 17. století. Ostatní zařízení je pseudoslohové a většinou bylo pořízeno v 19. století. Jak vypadaly původní varhany, tak to nevíme, protože se dochoval pouze nový nástroj z roku 1870 od pražské firmy Stieglitz-Roith, jenž byl opraven v letech 1887 (Josef Vodička) a 1933 (firma Ženatý-Kunt z Lomnice nad Popelkou; viz
http://www.varhany.net/cardheader.php?lok=3640).
Počet zdejších zvonů se v průběhu času měnil, většinou bývaly tři, naposledy byl zredukován díky požáru věže před rokem 1657 a rekvizicím obou světových válek, takže se nám dochovala jen dvojice zvonů. První o průměru 95,5 cm, hloubce 68,4 cm a hmotnosti 520 kg byl přelit v roce 1657 Matějem Exnerem z Hradce Králové a roku 1856 Karlem Bellmannem z Prahy, jenž dochoval část jeho původní výzdoby a nápis: "KE CTI A CHWALE LETHA PANIE 1657 TENTO ZWON GEST ZNOWA PO OHNI PRZELITI. NAKLADEM HUDEHO PANV A SWATEMV IANU KRZTITELI PATRONV CHRAMV TOHOTO. ZADVSSI WLKOWSKEHO OD MATESA EXNERA ZWONARZE A MIESTENINA W KRALOWE HRADCI NAD LABEM. PŘELITI W PRAZE OD KARLA BELLMANNA C. K. DWORNIHO ZWONAŘE 1856." Druhý zvon - Umíráček - o průměru 42 cm, hloubce 31,3 cm a hmotnosti 43 kg má pocházet ze 16. století, i když někteří jeho původ kladou až na konec toho předchozího století. Zrekvírován byl v roce 1942, ale po osvobození byl dohledán a vrácen zpět.