Dlouhá léta spadaly Markoušovice pod okolní farnosti, zejména šlo o Malé Svatoňovice, a teprve josefinismus tuto situaci změnil, neboť císař Josef II. navštívil v roce 1771 tuto obec a rozhodl o tom, aby zde byl vybudován kostel a škola. Nový chrám Páně byl dokončen roku 1787 a zasvěcen sv. Janu Křtiteli (něm. St. Johannes der Täufer). Toho času byla v Markoušovicích zřízena lokálie (něm. Lokalkaplanei Markausch), jež byla v roce 1857 povýšena na faru. V letech 1850-1851 došlo k obnově kostela, přičemž tesařské práce byly celkem spočteny na 49 zlatých a 46 krejcarů, potřebný materiál na 310 zlatých a 44 krejcarů, truhlářské práce na 60 zlatých a 36 krejcarů, štafírování na 124 zlatých a 50 krejcarů, zámečnické práce na 2 zlaté a malířské práce na 125 zlatých. Roku 1884 došlo k přístavbě věže. Věžní hodiny, které věnoval své rodné obci továrník Alois Haase, byly zřízeny v roce 1877. V květnu 1897 navštívil kostel královéhradecký biskup Msgre. Edvard Jan Nepomuk Brynych. Roku 1909 došlo k opravě střechy. 11. ledna 1996 byl objekt prohlášen za kulturní památku (viz
https://pamatkovykatalog.cz/kostel-sv-jana-krtitele-13463683). Rozhodnutí o rozšíření rozsahu kulturní památky je datováno 7. lednem 2013 a nabylo účinnosti k 30. lednu téhož roku (šlo o kazatelnu, křtitelnici, 6 dřevěných a zlacených svícnů a 3 rámy kánonových tabulek). V roce 2018 došlo ke zřízení osvětlení kostela. O 2 roky později byla provedena oprava oken. V letech 2021-2022 byla provedena nová fasáda věže a došlo i na zrestaurování části interiéru, zejm. hlavního oltáře. Zdejší tradiční akcí jsou více než 20 let Svatojánské koncerty, které navazují na období před 1. světovou válkou, kdy se v kostele konaly koncerty chrámové hudby, např. na sv. Jana Křtitele, sv. Jana Nepomuckého či o Božím Těle.
Jedná se o zděnou jednolodní stavbu s půlkruhovým a plochostropým presbytářem orientovaným k jihovýchodu a dvoupatrovou hranolovou věží nad severozápadním průčelím, jejíž stanová střecha je zakončena makovicí a ve vrcholu kovaným latinským křížem. V přízemí má pásovou bosáž, dále obsahuje masívní římsu a čtyřúhelná okna, po jejichž stranách jsou kamenné pilastry s hlavicemi, tentokrát ze světlého pískovce. Fasáda plochostropé lodi je členěna pilastry na tři osy, v nichž jsou situována půlkruhem zakončená okna se šambránami z červeného pískovce. Zděná kruchta je umístěna na 2 sloupcích. Boční sakristie jsou zaklenuty s lunetami.
Současné zařízení pochází zejména z 18. a 19. století. Zdejší oltáře byly pořízeny v době výstavby chrámu Páně a všechny pocházejí z tehdy rušených klášterních kostelů – z Kartouz, Žírče a Teplic nad Metují. Dřevěné sousoší Kalvárie na hlavním oltáři je dílem Jiřího Františka Pacáka z roku 1726, původně bylo součásti kaple křížové cesty u Žírče (viz
https://hradec.rozhlas.cz/kostel-v-markousovicich-ukryva-unikat-ktery-jen-tak-nenajdete-vnitrni-kalvarii-8685267). Obraz „Křest Ježíšův“ (něm. „Taufe Jesu“), nacházející se na hlavním oltáři, byl zhotoven trutnovským malířem Ignácem Russem, ale ve skutečnosti jde o kopii stejnojmenného obrazu od Guido Reniho. Dřevěná kazatelna se soškou Krista Dobrého pastýře na vrcholu stříšky na evangelní straně u triumfálního oblouku pochází ze 2. poloviny 18. století. Z téhož času je rovněž dřevěná čtyřboká křtitelnice s rokajovými ozdobami a sochou sv. Jana Křtitele. Kříž s reliéfy na soklu vznikl v roce 1811. Varhany z roku 1830 jsou dílem varhanáře Wenzela Kunze a opraveny byly v letech 1848 (Johann Barth), 1873 (Franz Ferdinand Kunz), 1895 (Wenzel Lorenz) a 1909 (Johann Fries, viz
http://www.varhany.net/cardheader.php?lok=3119).
Ve věži se původně nacházelo několik zvonů (většinou se jednalo o trojici), na jejichž likvidaci měly zásluhu rekvizice obou světových válek. Dnes zde tak nalezneme pouze malý zvon s textem: „P. I. H. C. P. 1852.“, který slouží jako umíráček. Více informací o kostele, dnes spravovaném z Úpice, lze najít v knize „Markoušovice a Starý Sedloňov. V proměnách času“ od Josefa Dvořáka a Adolfa Těžkého, jež vyšla v roce 2019.