Podle tradice měl být původní kostel založen v roce 1343 Hynkem z Náchoda a zasvěcen sv. Václavovi, což by měla dokládat listina ze 14. listopadu 1343. Roku 1355 si směnil místo kněz Jan z Třebešova s plebánem Janem. O 4 roky později si prohodili působiště kněz Vesel ze Skalice (něm.) s plebánem Janem. V roce 1364 nastoupil po zemřelém plebánu Veselu kněz Zdeněk. Roku 1369 bylo odsud odváděno 12 grošů papežského desátku. V roce 1383 si vyměnili místo kněz Jan z Poličan s plebánem Zdislavem. Z let 1384, 1396, 1397 (roku 1396 Silfrid Kordule z Dubence věnoval kostelu na mnohé povinnosti 2 kopy úroku ze vsi Zálezly; 3. ledna 1397 dal rytíř Přibík, pán na Dubenci, zapsat jako závaznost 1 kopu a 9 grošů pro kostel a tamní farář musel každou středu sloužit zádušní mši za zemřelé duše jeho bratra, manželky a sestry) a 1415 (24. ledna 1415 6 kop pražských grošů jako roční úrok rytíře Václava z Libčan, a to v Jehlici, Nerošově a Lubně) se vyskytují listinné zmínky o různých věnováních tomuto kostelu, jinak se o něm nikde nepíše. Roku 1412 si vyměnili místa kněz Půta z Libčan s plebánem Janem. Během husitských válek došlo k jeho poškození. Fara také připadla na určitou dobu utrakvistům. Před rokem 1534 prodal Jan Chvalkovský z Hustířan tvrz, dvůr, část vsi a kostel v Dubenci Majnušovi Bukovskému z Hustířan. Kolem roku 1600 byl původní kostel zbořen a na jeho místě byl vystavěn nový svatostánek, tentokrát v pozdně gotickém slohu. V roce 1645 byl vážně poničen švédským vojskem. Nebyl však zbourán úplně, jak dnes tvrdí většina pramenů. O 8 let později byly založeny matriky, tehdy byly psány ještě česky. Toho času byl kostel spravován královédvorským děkanem P. Vojtěchem Losiem. Kolem roku 1660 došlo k jeho přestavbě, resp. novému zaklenutí, jež si objednali žírečtí jezuité, kteří dubenecké zboží koupili 3. dubna 1662, přičemž byly zachovány obvodové zdi, presbytář a okna již bez kružeb. 24. srpna 1653 bylo první zdejší dítě navráceno do lůna římskokatolické crkve, a to P. Johannem Jakobowitschem. V letech 1736-1740 byl kostel rozšířen o západní část lodi a věž (základní kámen uložen 6. srpna 1736 žíreckým superiorem P. Paullusem Treiflingerem). Zároveň došlo ke změně jeho zasvěcení, neboť od té doby ho známe pod titulem sv. Josefa. 19. července 1744 uhodil do věže blesk, který projel varhanami až do kostelní podlahy. O 2 roky později došlo k některým jeho opravám a výměně krytiny. V roce 1839 byl zrušen hřbitov, který se nalézal kolem kostela. 18. listopadu 1855 byl slavnostně posvěcen nový oltář, jenž byl téhož roku obnoven nákladem faráře P. Františka Fischera. Kromě oprav byly na něj pořízeny 2 nové sochy od řezbáře Josefa Pátého z Pecky – sv. Jáchym a sv. Anna. V říjnu 1897 byly v kostele zavedeny české bohoslužby. V letech 1904-1905 byla provedena vnitřní výzdoba chrámu Páně, jež vyšla na 15 500 K. Jednalo se o výmalbu objektu, pořízení nové křížové cesty z pražské umělecké dílny Viktora Foerstra (obrazy z pálené hlíny a rámy z mozaikového skla; první svého druhu v Čechách), polychromování oltářů, kazatelny a zpovědnic. V noci na 5. července 1912 došlo k vloupání do kostela. Pachatelem byl 39letý tulák Josef Míl z Maršova u Úpice, který tehdy ukradl ze schránky na milodary 2 K a vypil mešní víno. V letech 1937-1938 došlo k zrestaurování oltářů. Po osvobození a odsunu německých obyvatel se nikdo o kostel delší dobu nestaral, pokud nepočítáme přičinlivého faráře P. Bernarda Tomana, který sem přišel roku 1947 a zasloužil se o novou krytinu a žlaby nad kostelní lodí. Od 20. dubna 1964 je tento svatostánek památkově chráněn (viz
https://www.pamatkovykatalog.cz/kostel-sv-josefa-12887348). O 5 let později došlo k opravě kostela, zejména šlo o opravu trámoví báně a věžní fasády. Předtím byl objekt v havarijním stavu a uvnitř lodi dokonce spadl kus klenby. V roce 1976 byly opatřeny varhany elektrickým pohonem a o 2 roky později byla natřena střecha věže. Roku 1980 byla dokončena instalace rozhlasového zařízení. V roce 1984 byl vytónován kostel a obnoveny nástěnné malby. V letech 1995-1998 byla provedena oprava střechy. Roku 2001 došlo k vloupání do kostela.
Současný kostel je jednolodní stavba s valbovou střechou v barokním slohu, jež má v průčelí hranolovou věž, jež je ozdobena pseudoiónskými pilastry. Její kryt tvoří břidlový čtyřboký zvon s lucernou, bání, koulí a křížem. Ke kněžišti přiléhá na severu kaple sv. Václava a na jihu sakristie. Loď má nepravidelný půdorys a je podepřena 3 páry neomítnutých pilířů. Celý kostel s hrotitými a hladce špaletovanými okny byl uvnitř původně vyveden v beuronském stylu. Postranní stěny jsou od malíře Johana Russe z Litiče a jeho syna, autorem ozdob je žírecký malíř Johan Jokel.
Dřevěný hlavní oltář obsahuje ve svém středu barokní sousoší sv. Rodiny od žíreckého sochaře Jiřího Pacáka, který je autorem mnoha soch po celém Královédvorsku. Toto sousoší vzniklo někdy kolem roku 1740, ostatní doprovod je teprve ze 2. poloviny 19. století, např. sochy Joachima a Anny vytvořil vídeňský sochař Franz Müller. Postranní oltáře Panny Marie Bolestné a sv. Ignáce mají pocházet ze stejné doby jako sousoší sv. Rodiny a jejich autorem by měl být italský sochař Řehoř Thény, který byl spolu s Jiřím Pacákem přímým žákem Matyáše Bernarda Brauna. Pseudobarokní kazatelnu vytvořil v roce 1880 také Vídeňan Franz Müller, původní varhany s rokokovým detailem vznikly kolem roku 1750 a ze stejného období pochází též mramorová křtitelnice, monstrance, ciborium, kalichy, pacifikály, relikviáře a svícny, z nichž část byla doplněna počátkem 19. století. Další varhany postavil v roce 1804 František Umlauf z Králík a opraveny byly v letech 1825 (Wenzel Kunz) a 1894 (Josef Vanický a Václav Poláček).
Před 1. světovou válkou se tu nacházela trojice zvonů, jež neměly žádné zvláštní pojmenování, říkalo se jim jen - „Velký“, „Prostřední“ a „Malý“. Z roku 1550 pochází zvon, který je vysoký 74 cm a v průměru má 96 cm. Nese nápis: „LETA BOZYO MD°LHO TENTO ZWON GEST SLIT KE CZTI A CHWALE PANV BOHV Y WSSEM SWATYM SKRZE WACLAWA KONWARZE“ (dobové prameny zapisují část nápisu jinak: LETA BOZYO MVOOLHO TENTO ZWON). Další 2 zvony z let 1747 s obrazem Umučení Páně (výška 90 cm, průměr 124 cm, autorem mladoboleslavský zvonař Nicolao Pricquey, nápis: „A FVLGVRE ET TEMPESTATE LIBERA NOS DOMINE IESV CHRISTE AN. DO. 1747. SVB A. R. D. P. TOBERT – LE SOCIETATATE IESV RESO SCHVRTZ SCHATZLAT ET DVBENETZ ETZ SVPERIO PE S. A. P. D. IOANNI BE – VHM. R. T. CVRATO DVR – R. D. FRATRE FRIDERICO – STEYDTNER S. I. AECONOMO. LAVDETVR IESV CHRISTVS REX GLORIE IN IPSO EST Z VDEA IN AETERNVM.“) a 1831 (slitý pražskou firmou Karel Bellmann) byly zrekvírovány za 1. světové války. K dalším rekvizicím došlo za 2. světové války. Jako zajímavost k tomuto kostelu dodejme, že na Boží hod vánoční v roce 1890 byl během mše raněn mrtvicí rolník František Kudrnovský a na místě též zemřel. Sám farář byl z této neblahé události ještě dlouho otřesen.