Na ostrově u smíchovské Nábřežní ulice nedaleko Jiráskova mostu a přes Vltavu téměř naproti Šítkovské vodárenské věži se nachází další bývalá vodárenská věž, která by však neměla být tak stará jako ty na Starém a Novém Městě, i když např. významný vodárenský odborník Ing. Jan Vladimír Hráský o ní vždy tvrdil, že „pochází pravděpodobně z téže doby jako vodárny pražské“. Vybudována však byla malostranským obecním nákladem až po roce 1561 na místě bývalého mlýna, jenž měl náležet roku 1419 husity pobořenému Kartouzskému klášteru. Odtud se jí také někdy říkalo jako Kartouzská. Po sousedním Petržílkovském mlýně (pojmenován po malostranském měšťanovi Janu Petržilkovi, jemuž v roce 1483 povolila novoměstská obec se svolením krále Vladislava Jagellonského, aby na místě spáleného mlýna vystavěl nový), který se 15. října 1523 dostal koupí od Jana řečeného Zajisto do rukou obce Menšího města pražského, byla nazývána rovněž jako Petržílkovská a jejím úkolem bylo zásobovat dolní Malou Stranu nefiltrovanou říční vodou.
Že před rokem 1562 (v mnoha pramenech se nese informace o tom, že byla vybudována již v roce 1502, ale jde pouze o omyl a přebíranou tiskovou chybu, jež se objevila i v Ottově slovníku naučném, kdy se hovoří o její dřevěné předchůdkyni, ale ve skutečnosti to byla jen přízemní místnůstka, u níž byla následně věž vztyčena) tato kamenná stavba neexistovala, tak to si můžeme dovodit z majestátu krále Ferdinanda I., jímž bylo uděleno obci Menšího města pražského výhradní právo na vybírání poplatků z výčepu vína a piva v městě a na Újezdě (Oujezdě) byli za jistých podmínek povinni „vodní věži stavěti dáti a dostatek vody do města pro uvarování ohně a nebezpečenství hnáti.“ Tato reakce na velký požár Malé Strany, Hradčan a Pražského hradu roku 1541 znamenala jistě to, že se již krátce po vydání onoho královského majestátu začala vodárna budovat na místě jednoho z Petržílkovských mlýnů, které zakoupila malostranská obec v roce 1523. Zda byla dokončena již tehdy nebo až později, tak to nevíme. První zprávu o ní máme až z roku 1602, kdy byla přísežnými zemskými mlynáři sepsána relace novoměstskému purkmistrovi a celé městské radě ohledně přestavby vodárny na Nových mlýnech u sv. Klimenta. V ní bylo hovořeno jako o účelně zařízené a pochválena byla následujícími slovy: „v tý věži pro trouby a kolo vodní poznáváme za dobry býti, aby se tím způsobem (což zedník aneb kamenník spatřiti může) jako v malostranský věži udělalo, pro příčinu tu, že když se po vší věži kouří a teplo rozrazí, tehdy jak nahoru tak dolů volně pro dejm jíti se nemůže, nic méně dříví mnohonásobně více se potřebuje; co se pak dotýče instrumentu k hnaní vody, nemůžeme mezi sebou toho najíti, aby měl který lepší a snadnější k opatření nad ten, jako jest na Malý straně býti. Protož se nám vidí, aby se dal takovým způsobem (totiž, aby stok nad vodou stál) udělati.“
Z uvedeného dokumentu se tedy dozvídáme, že na Malé Straně měli věž nejnovější konstrukce a v klenutém přízemku věže nejmodernější vodní stroj. Roku 1629 byl s příspěvkem Albrechta z Valdštejna postaven nový stroj, přičemž tento šlechtic si vymínil za svých 1 800 zlatých rýnských to, aby byl jeho palác na Malé Straně zásobován vodou z této vodárny. Smlouva mezi obcí Menšího města pražského a tímto šlechticem je datována 26. květnem 1629. Tento druhý vodárenský stroj byl umístěn v přízemním, šindelem krytém přístavku čp. 88, těsně na severní straně věže a na položení nového Valdštejnského řadu. Tím získala Malá Strana dvojici vodáren – „hořejší“ v přízemku věže a novou „dolejší“, o něž se staral tzv. rourník čili lormejstr, který za to měl roční plat ve výši 25 kop grošů, byt vedle vodárny, pracovní oděv i obuv. Tehdy přiléhal k západní straně věže žlab se 3 vodními koly za sebou, přičemž první kolo uvádělo do pohybu hořejší vodárnu, druhé dolejší vodárnu a třetí náleželo k mlýnku o 1 složení, zvanému jako „Bouda“ a situovanému vedle dolejší vodárny. V roce 1670 vedlo z pánve Malostranské vodárny 5 padacích dřevěných řadů. Vedle jednoho do kašny v zahradě hraběte Slavaty (později zvané jako Portheimovské, při čp. 82) existovala ještě čtveřice dalších řadů – Svatováclavský, Valdštejnský, Pivovarský a Karmelitský, z jejichž názvů je nám hned jasné, kam jen vedly. Roku 1686 zásobovala vodárna 57 kašen a stojanů.
Ve 2. polovině 17. století se začalo uvažovat o přeložení vodárny na příhodnější místo, ale spory se Starým i Novým Městem vždy tyto snahy zhatily. Přesto došlo později alespoň k některým změnám, i když šlo pouze o majetkové záležitosti, protože 24. července 1751 byly sousední obecní Petržílkovské mlýny před Újezdskou bránou prodány staroměstskému měšťanu a mlynáři Františku Mrázovi za 1 550 zlatých rýnských a placení gruntovního poplatku 200 zlatých ročně. Vodárna čp. 88 („Hydraulicum“) a její příslušenství s Kartouzským jezem však zůstaly v obecním vlastnictví, ale František Mráz a jeho potomci byli vázáni k její náležité a bezplatné správě. Později však byl obcí zřízen obecní dozorce, jenž byl nazýván jako poustecký. Roku 1808 měla Malostranská vodárna 2 stroje po 3 pístech o průměru 158-191 mm a zdvihu 1080-1159 mm, jimiž byla voda vytlačována 2 potrubími o průměru 66 mm do výšky 29 m, v níž byla situována pánev o objemu 1,05 m3, odkud pak byla rozváděna čtveřicí potrubí o průměru 66 mm do 40 kašen.
Prudký stavební boom, vzrůst obyvatelstva a hospodářský rozkvět Malé Strany si vyžádal modernizaci a rozšíření vodárny. Roku 1840 byl Romualdem Božkem, synem vynálezce Josefa Božka, postaven třetí stroj se 2 dvojčinnými čerpadly. Přesto se však vody stále více nedostávalo, což je vidět ze smlouvy ze 14. března 1865, v níž dala smíchovská městská obec svolení k tomu, aby se vodní potrubí smělo klást na jejích pozemcích, začež se pražská městská obec zavázala dodávat vodu do 2 obecních kašen na Smíchově. I tak se však problém s nedostatkem vody prohluboval, takže byl Smíchov donucen ke stavbě vlastní vodárny na dolní straně viaduktu spojovací dráhy, což vyvolalo námitky vedení pražské městské obce. Ty byly kompletně vyřízeny až v roce 1873, když se Smíchov zavázal platit za odebranou vltavskou vodu roční činži ve výši 50 zlatých.
Zde musíme dodat, že vedle Malostranské vodárny byla roku 1859 založena tzv. Hradčanská vodárna čp. 89, která vznikla z dosavadního mlýnku „Bouda“, odkoupeného 17. února 1859 od Šalamouna Příbrama. Ta naopak zásobovala nefiltrovanou říční vodou Hradčany a horní Malou Stranu. Tato vodovodní síť končila velkou zděnou kašnou na Pohořelci, jež byla v roce 1892 po zrušení vodárny nahrazena výtokovým stojanem. Sama Hradčanská vodárna byla roku 1864 zařízena podle návrhu městského inženýra Romualda Božka novým vodním strojem a v 1. patře byl upraven byt pro městského pousteckého. V roce 1874 byla navíc znovuzřízena a rozšířena, když do ní firma Märky, Bromovský a Schulz dodala nový horizontální jednoválcový stroj s kondenzací, který poháněl 2 horizontální jednočinné plungerové pumpy o denní vydatnosti 320-450 m3 pod tlakem 11 atmosfér, přičemž v kotelně byly umístěny 2 Cornwalské kotle o topné ploše kolem 24 m2. K zrušení Hradčanské vodárny pak došlo v roce 1888, a to kvůli zřízení přečerpávací stanice na Letné.
Další zprávu o zařízení Malostranské vodárny máme z roku 1875, a to ze zprávy profesora a pozdějšího rektora pražské techniky Ing. Augusta Salaby. Podle ní měla vodárna žlab o šířce 2,13 m a hloubce pod normální hladinou 1,09 m. Spád byl 0,7 m, množství vody při středním stavu vody činilo 3,76 m3 za vteřinu a absolutní síla vody byla 28 HP. Za sebou umístěná kola, z nichž 2 byla o průměru 6,32 m a šířce 1,86 m a 1 bylo o průměru 6,48 m a šířce 2,11 m, měla při středním stavu vody sílu 12,2 HP. Ta uváděla do pohybu 6 jednočinných a 2 dvojčinné pumpy o celkové užitečné síle 9,18 HP; o průměru pístu 196, 300 a 132 mm; při zdvihu 810, 630 a 630 mm a počtu obrátek 6, 5,4 a 6. Dopravní výška činila 30 m a denní množství vody 1980 m3, i když kvůli různým ztrátám bylo o nějaký ten krychlový metr menší. Při této vodárně byla rovněž zřízena nová sací studna a zjištěno, že zde dochází k míšení přirozeně filtrované vody z Vltavy s pramenitou vodou. O 4 roky později bylo zahájeno překládání vodovodu na smíchovském nábřeží a zřízení filtrační studně ve vodárně.
V roce 1880 došlo k snesení pánve z věže a 20. září 1886 přestala Malostranská vodárna fungovat, neboť se stala nadbytečnou kvůli položení vodovodu z nově vybudované parní vodárny v Podolí. V té době se uvažovalo o jejím zbourání, což není nic divného, když si již přečteme několik řádků ze zprávy odborného komitétu ohledně užití vodních sil pro novou pražskou vodárnu z roku 1877: „Vodárna malostranská má při střední vodě sílu užitečnou asi 18 koní, z nichž při nynějším zařízení pouze asi 10 koní se využitkuje, a množství denně dodané vody obnáší za střední vody asi 1500 kbm., ale za malé vody mnohem méně. Touto vodou zásobuje se dosud Malá strana a část Smíchova. Bude-li zřízena nová vodárna, neměla by tato malá vodárna valné ceny, poněvadž, hledíc k malému pouze množství, které dodává, nebylo by zřízování dvojího potrubí, - pro filtrovanou a nefiltrovanou vodu - prospěšné. Mimo to hodlá se užít nynějšího Malostranského potrubí k doplnění potrubí pro nefiltrovanou vodu na pravém břehu.“
Ale v květnu 1891 se jí zastal na jedné z místních komisí c. k. stavební rada Josef Hlávka a o rok později nechala městská rada pořídit na věž nový krov, jenž vyšel na 3 000 zlatých. Tyto práce i s dalšími úpravami provedla stavitelská firma Karla Hübschmanna a Franze Schlaflera. V areálu Malostranské vodárny se měnila řada nájemců, např. zde od roku 1892 působila majitelka kovoliteckého závodu Františka Merfaitová, přičemž během dohodnutého šestiletého období odváděla 500 zlatých ročního nájmu. Znovu se o zbourání Malostranské vodárny jednalo opětovně při regulaci Vltavy, ale věž naštěstí přečkala i toto nesnadné období, kdy zanikly sousední Petržílkovské mlýny a celé její okolí se hodně proměnilo. V jednáních v letech 1894-1895 si totiž město vymínilo zachování vodárenské věže a za postoupení vodárny s vodní silou požadovalo náhradu ve výši 30 000 zlatých, což bylo přijato c. k. ministerstvem vnitra podle výnosu prezidia c. k. místodržitelství v království Českém z 1. prosince 1895 č. j. 12.847.
Od té doby bývala někdy prázdným objektem a jindy byla obsazena řadou nájemců. Jedním z takových byli i skautiměli v náplni práce obsluhovat plavební komoru , kteří se v ní scházeli v letech 1937-1940 a 1945-1948 (viz
https://cesky.radio.cz/malostranska-vodarenska-vez-se-zapsala-do-skautske-historie-8723604). Následně se tato stavba ocitla v rukou státu a hospodařil s ní Karlínský dům pionýrů, jehož vodácký oddíl zde sídlil. 22. prosince 1964 pak byla zapsána do státního seznamu kulturních památek (viz
https://www.pamatkovykatalog.cz/malostranska-vodarenska-vez-14757687). V letech 1977-1989 se navíc z posledního patra věže stala pozorovatelna Státní bezpečnosti, neboť byl odsud dobrý výhled na bydliště disidenta a pozdějšího prezidenta Václava Havla. V letech 1987-1990 pak proběhla postupná oprava a modernizace celého areálu podle projektu architektky Jindřišky Petříkové, kdy byla pro kancelářské účely přestavěná věž navíc spojena proskleným visutým krčkem s administrativní budovou čp. 90, která původně vznikla v letech 1912-1913 přestavbou Karpelesova mlýna pro úřadovny Vrchní stavební správy komise pro kanalizování řek Vltavy a Labe v Čechách a byty plavidelníka a jeho pomocníků, jež měli v náplni práce obsluhovat plavební komoru, a to podle plánů Ing. arch. Jiřího Justicha. Po povodni v roce 2002 musela být spodní část věže zrestaurována. Dnes je celý areál v majetku firmy PB NEMO a. s.