První zmínky o tomto rybníku pocházejí již z 15. století, ale je možné, že rybník byl založen již opatovickými benediktýny, jejichž klášter v Opatovicích nad Labem byl dobyt a vypálen husity roku 1421. V roce 1491 učinil Jan Bavor Bukovský z Hustířan na Bukovce smlouvu s Vilémem z Pernštejna o velký rybník Bohdanečský, jímž se Bavorovi a jeho lidem grunty zatopovaly, a o rybník Rozhrnu, kterým Bavor zavodňoval některé pernštejnské grunty:
„(CLXXXIX) Smlúva [Vilíma z Pernšteina] s Bavorem z Hustířan, což sě rybníkem zatopení dotýče Bohdaneckým.
1491, 26. září.
Léta božieho MCCCCLXXXXI. v pondělí před svatým Václavem mezi pán[em] a panem Vilémem z Pernšteina na Helfenšteině najvyššiem hofmistrem královstvie Českého s jedné, a urozeným vladyků panem Bavorem z Hustířan a na Bukuovce s strany druhé, stala sě jest smlúva o rybník veliký Bohdanecký, kterýmž sě panu Bavorovi i jeho lidem nětco dědiny topí, a zase pan Bavor pánu Jmti rybníkem Rozhrnú kruntu nětco topí, o to mezi pánem Jmtí a Bavorem svrchupsaným stal sě jest konec, že jest jedno místo oddáno za druhé, a když by byl rybník Bohdanecský na místo pln, tak jakž má plný býti, a páně Bavoruov Rozhrna teež, tehdy obědvě straně mají na meze vyjeti a meze zdělati, aby na věčnost a budúcně tak stály pro potomní zmatky.
A jestliže by pán Jmt rybníkem Bohdanecským co více topil, když by plný stál, tehdy svrchupsaný pan Bavor nemá proti tomu býti ani co říkati ani jeho budůcí ani jeho lidé. A teež také jestliže by svrchupsaný Bavor co více rybníkem Rozhrnú topil pánu Jmti, proti tomu pán Jmt nemá býti ani jeho budúcí potomci ani Jmti lidee. A tuto smlúvu svrchupsanú slíbili sme sobě obapolně věrně, právě, křesťansky beze všech forteluov zdržeti a zachovati, tak jako sě svrchu píše. Tomu na svědomí a pro lepší jistotu, pevnost i zdržení své sme vlastní pečeti k tejto smlúvě přitiskli; a připrosili jsme urozených vladyk, pana Jana Špetlě z Prudic a na Frydnavě, a pana Jindřicha Březnického z Náchodu, a pana Bočka z Zabídovic, že jsú podle nás k tejto smlúvě pečeti své přitiskli, jim a jich erbóm bez škody. Actum anno et die ut supra.“
23. května 1498 král Vladislav vydal Vilémovi z Pernštejna právo na vodu, kterou Opatovickým kanálem vedl z Labe od opatovického splavu na rybníky: Velkou a Malou Čeperku (tehdy psána jako Šeperka), Oplatil, Rozkoš a Bohdanečský rybník. Roku 1518 se rybník vylil ze svých břehů a způsobil řadu škod v celém okolí. V rybničné registře z let 1518-1520 můžeme nalézt, jak se vrchnost s tímto problémem vyrovnala a poškozeným nahradila způsobené škody. Podle urbáře pardubického panství z roku 1588 byl Bohdanečský rybník třetím největším na pardubickém panství, a to po Velké a Malé Čeperce a Oplatilu. Tehdy měl rozlohu 1648 měr.
Po třicetileté válce nastal postupný úpadek rybničního hospodářství. Rybníky byly novými majiteli panství špatně obhospodařovány, jeden po druhém byl rušen a na jejich místě byly zakládány nové osady, zalidněné německými osadníky z Pruského Slezska. Ještě ke konci 16. století bylo na Pardubicku 235 napuštěných rybníků, ale jejich počet do roku 1798 klesl na 153. Jestli podobně dopadl rovněž Bohdanečský rybník, tak to s jistotou nevíme. Prameny o jeho výslovném vypuštění a vysušení nehovoří. V roce 1840 měl ještě 608 jiter a 25 čtverečných sáhů (349,60 ha).
Zašlá sláva rybníkářství měla být obnovena v polovině téhož století, některé hráze se obnovovaly, rybníky napouštěly, žel rozkvětu jako před 300 lety se již nedosáhlo. V rozporu s tím však byla žádost kříčeňských občanů v čele s V. Pourem z roku 1863, aby byl rybník zrušen a proměněn v pole a luka. Se svou peticí se obrátili na český zemský sněm. Jak tehdy dopadli, to se mi nepodařilo dohledat, ale k jeho vypuštění muselo dojít, protože koncem 80. let 19. století se začalo hovořit o jeho obnovení. V roce 1889 se dokonce přišlo s tím, že by Bohdanečský rybník mohl být napouštěn občasně. O jeho znovuzřízení se píše v „Příspěvcích ku dějinám zemědělství v království Českém za století 1791-1891“ z roku 1891 toto: „Za příklad vynikající nechať tu slouží rekonstrukce prováděné anebo ku provedení v nejbližších letech ustanovené na panství Pardubickém, a sice byly tu nynějšímu majiteli znovu napuštěny rybníky: Soprč, Mladinov, Novolečský, Beránek, Březinský a Jezero. Přípravy k opětnému napuštění bývalého velikého rybníka Bohdanečského dospěly již tak daleko, že letos již stane se jeho napuštění za účelem občasného hospodaření.“ Tehdy byl obnoven ve velikosti pouhých 210 ha. Polovina jeho půdy byla proměněna v luka a pole a od 20. století již nebyla zatopována. V roce 1918 byla rozloha rybníka 212 ha. Bývalý panský majetek převzal k 1. lednu 1921 okresní velkostatek, který měl o 4 roky později 35 rybníků, z nichž byly největšími: Bohdanečský (176,66 ha), Soprč (85,54 ha), Oujezd (36,71 ha) a Rozhrna (35 ha). Počátkem 20. let 20. století byl rybník proměněn v jezerní nádrž s řadou pohyblivých komor pro zavlažování okolních písčitých pozemků.
Od roku 1939 byl Bohdanečský rybník brán za rezervaci, kam mířila řada exkurzí pardubického ornitologického klubu. V roce 1951 byla lokalita prohlášena za státní přírodní rezervaci Bohdanečský rybník a rybník Matka, ale až do roku 1974 tu probíhal intenzivní chov vodní drůbeže a ryb, který řídilo Státní rybářství Litomyšl. Původně obhospodařované slatinné louky zarůstaly náletovými křovinami, kvalitnější rákos se sklízel a prodával. Roku 1992 se ze státní přírodní rezervace stala národní přírodní rezervace. V roce 1993 bylo obnoveno kosení rákosí a luk a současně byly zlikvidovány náletové dřeviny a ve 2 fázích došlo k vymýcení aleje nepůvodního topolu kanadského. Roku 1995 byl dokončen její mykologický inventarizační průzkum. V letech 1998-2002 proběhl faunistický průzkum vážek a v letech 1999-2000 denních motýlů. V roce 1999 byl zrevitalizován rybník Matka, který byl z rozlohy 0,78 ha obnoven na plochu 7 ha. V severozápadní zátoce Bohdanečského rybníka vznikla soustava 12 tůní. V letech 2000-2005 zde probíhal průzkum flóry a vegetace. V roce 2005 byla rozšířena o Zábranské rybníky a Zástavu. Od té doby má již 247,7674 ha. V té době byla také zahájena revitalizace Bohdanečského rybníka, jež zahrnovala jeho odbahnění, vytvoření litorálních pásem a soustavy ostrůvků a lagun a rozčlenění rákosinových porostů. V letech 2013-2014 vznikly na 15 ha rybníka mělčiny a laguny. Další revitalizace proběhla v letech 2015-2016. Během ní byla vyměněna jednoduchá dřevěná ornitologická pozorovatelna v podobě mysliveckého posedu na Polákově poloostrově za novou dřevěnou „Musílkovu pozorovatelnu“, pojmenovanou po významném ornitologovi Josefu Musílkovi (1885-1941) a zprovozněnou 23. května 2016. Více podrobnějších informací o této rezervaci lze dohledat zde:
http://drusop.nature.cz/ost/chrobjekty/chrob_find/index.php?frame=1&h_kod=2419.