Podle lidové tradice stával již ve 12. století a vystavěn byl jistým Benedou z vděčnosti za to, že Pán Bůh vyslyšel jeho vroucí modlitby a dal mu následně dědice. V roce 1350 byl opatřen plebánem a náležel ke královéhradeckému dekanátu a arcidekanátu. Roku 1352 byl Bohuněk z Načešic, klerik pražské diecéze, k podání Bernarda z Cimburka po smrti kněze Ullricha (Oldřicha) ustanoven za bohdanečského plebána a ve svůj úřad byl uveden živanickým plebánem (někde se objevuje nesprávně až rok 1363). V roce 1358 uváděl zdejší plebán do úřadu toho ždánického. Bohuněk z Načešic byl plebánem v Bohdanči ještě roku 1386. V roce 1403 si směnil plebán Ludvík své místo s Václavem, oltářníkem Všech Svatých v horním kostele v Kutné Hoře. Tuto směnu nepovolil opatovický opat Petr, a tak se oba obrátili na pražskou konsistoř. Mistr Jakobinus, prokurátor opatovického opata, však promeškal stání a tak se kněz Václav stal bohdanečským farářem i přes odpor opatovických benediktýnů. V letech 1369-1408 platil zdejší plebán 12 grošů papežského desátku. Roku 1416 byl místní plebán Jan zmíněn jako jeden z volitelů opata, ale o 20 let později byl veden jako kněz ve vyhnanství. Později byli v Bohdanči také utrakvisté. Roku 1527 tu byl farářem Ondřej Brunclík (Andreas Brunzlik), který později odešel do Heřmanova Městce. Mezi lety 1550-1564/1565 působil v Bohdanči Vavřinec Leander Rváčovský z Rváčova. V roce 1541 se odebral klerik Ondřej z Bohdanče do Itálie k svěcení a byl dán do Hradce Králové k arciděkanovi Pavlovi. Následně zde konali duchovní správu luteránští faráři. Roku 1565 dal luteránský farář Jakub odstranit z kostela korouhve a obrazy a na kazatelnici líčil posluchačům život Martina Luthera. Jeho nástupci byli: Melchior, Aquilinus (zmíněn v roce 1565), Simeon (roku 1566), Matěj Brodský (v roce 1579), Jan Adolf Oustecký (též psán jako Austecký či Autský, v letech 1597-1598), Havel Zemánek Stammbach z Ferriny (roku 1590), Matěj Horský (v roce 1592), Jan Agricola (v letech 1595- 1618/1621), Jakub Zykl, Bartoloměj Zelený (v letech 1618-1622). Poslední z nich byl po Bílé hoře vyhnán jako choromyslný z fary, nějakou dobu se toulal mezi Volčí a Žáravicemi a později se odebral do Slezska. 30. dubna 1605 při požáru města, který si vyžádal 43 vyhořelých domů, došlo ke shoření věží kostela a slití 4 zvonů. V roce 1615 byl podle zprávy o farách pardubického panství na bohdanečské faře kněz P. Jakub Zykl (původně kněz podobojí, v letech 1622-1631 již katolickým farářem), jehož příjmy tvořily: peněz 17 kop a 8 grošů, žita 83 strychů, 3 věrtele ječmene, na půst džber kaprů, bečka soli a z každé várky vědro piva. O 3 roky později obdržel zvonař Donát za nový „prostřední“ zvon 275 kop, 6 grošů a 4 denáry. Jiná zmínka však hovoří, že na nákup a opravu nového „hrubého“ zvonu bylo vydáno 200 kop a na „prostřední“ zvon v letech 1618-1619 141 kop, 38 grošů a 5 denárů. V roce 1640 vytvořil řezbář Michal Salaj novou archu a dodělal tabernákulum. Roku 1654 byl kostel obsluhován z Přelouče od minority Silveria Mazurkoviče, který dohromady z kostelů v Bohdanči a v Živanicích dostával: 27 kop a 8 grošů peněz, 78 strychů 1 věrtel 2 čt. žita, 19 korců 2 věrtele ječmene, piva horkého z várky ¼ sudu, na půst džber kaprů, soli prosticí, 30 sáhů dříví na topení. V roce 1655 byly pořízeny další zvony, za něž bylo vydáno 417 kop 9 grošů. O rok později byla obnovena bohdanečská fara. Prvním stálým zdejším farářem se stal P. Martin Šípek. Roku 1669 byly zhotoveny 2 dřevěné archy a varhaník Jan Mřížek přeložil pozitiv. Relace z roku 1677 líčí kostel jako farní, který měl 5 stříbrných kalichů, z nichž 1 byl velký a starobylý, stříbrnou monstranci, stříbrný relikviář, křtitelnici a 5 zvonů. Janovi mladšímu Bělskému v Pardubicích bylo za malbu 2 malých obrazů vyplaceno 79 kop, 42 grošů a 6 denárů. Nad městečkem byla navíc dřevěná kaple sv. Jiří. V roce 1696 opravil varhany chrudimský mistr, jehož jméno se nedochovalo. Roku 1702 vymaloval a pozlatil hodinový stroj pardubický malíř Jan Zach. Následně dvojice královéhradeckých hodinářů přestavěla hodinový stroj. 26. srpna 1716 strhla vichřice horní báň na věži s orlem. Vše bylo ještě do konce roku opraveno. V roce 1717 byla vybudována u kostela kostnice. O 10 let později byl opraven poškozený orloj.
Půdorys původního dřevěného kostela se nedochoval, ale můžeme uvažovat o tom, že se vzhledem k místu příliš nelišil. Ze dřeva ke kameni se došlo nejspíše někdy kolem roku 1574, což můžeme dovodit z účtů za opravy svatostánku v letech 1643 a 1646. V roce 1646 vymaloval Abraham Chrudimský nový orloj, za což obdržel 26 kop grošů. Nový chrám Páně byl postaven z kamene v letech 1728-1738 stavitelem Františkem Jedličkou podle projektu Tomáše Haffeneckera (první polovina stavby byla provedena v letech 1728-1729, zhruba byl dokončen v roce 1730). Roku 1733 byl vystavěn nový oltář sv. Jana Nepomuckého. V roce 1736 byl vyštafírován a vyzdoben hlavní oltář. Roku 1753 byl kostel poškozen požárem a v roce 1759 byla opravena jeho střecha. V letech 1763-1764 byl zřízen oltář sv. Floriána. Chrudimský řezbář Radouš za něj obdržel 135 zlatých. 12. dubna 1772 shořela při velkém ohni věž. Zároveň se rozlil zvon „prostřední“ a „velký“ se 2 malými spadl na chrámový kůr. Teprve po 8 letech se našlo dostatek financí na opravu. Tehdy byla rovněž přestavěna stavitelem Františkem Jedličkou z Heřmanova Městce věž. 21. července 1780 byl na vrchol věže vytažen orel, který nahradil dosud zde umístěný kalich. O 2 roky později byly pořízeny 2 nové hodinové cimbály. 13. června 1789 uhodil do věže blesk, který poškodil orloj. Ten byl opraven pražským hodinářem Janem Slavíkem v roce 1793. Roku 1808 byla opravena věž a v následujícím roce hodinové cimbály a zvon. Roku 1811 byla nově pokryta střecha věže. V roce 1817 byly Matoušem Hájkem opraveny věžní hodiny. Roku 1851 byla od kuklenského malíře Antonína Bayera pořízena křížová cesta. O rok později byl kostel obílen z venku i vnitřku. Zároveň došlo k opravě malby na stěně za oltářem. V roce 1859 proběhla oprava střechy chrámu. Roku 1865 došlo k opravě dlažby. O 4 roky později byly opraveny varhany. V roce 1870 byla přestavěna věž podle projektu Františka Schmoranze. Stavba věže byla pronajata Josefu Budinskému z Pardubic. Tehdy byla také cibulovitá věžička předělána na jehlancovou. V roce 1924 byl kostel zrestaurován a vyzdoben malbami akademického malíře Antonína Häuslera z Prahy. O 5 let později byl poškozen známou větrnou smrští. Další opravy proběhly roku 1935 a poté za německé okupace. V roce 1961 byla provedena renovace vnějších omítek. Od 16. března 1964 je objekt památkově chráněn (viz
https://www.pamatkovykatalog.cz/kostel-sv-mari-magdaleny-15899490). Roku 1993 došlo k renovaci věžních hodin a ciferníků. O 5 let později byly zrestaurovány obě sochy v nice. V roce 1999 došlo naopak na boční oltář Panny Marie a v letech 2000-2001 na oltář sv. Jana Nepomuckého. Řada dalších výrazných oprav byla provedena i v následujících letech, ale další probíhají též v současnosti.
Jedná se o jednolodní orientovaný kostel s obdélnou, uprostřed rozšířenou lodí, v průčelí s věží na čtvercovém půdorysu a na severní straně s užším čtvercovým presbyteriem se sakristií. Presbyterium je zaklenuto českou plackou. Rohy vyplňují vyduté pilastry s římsovými hlavicemi. Triumfální oblouk je zaklenut polokruhem. Loď je zaklenuta valeně s lunetami nad okny, ve dvou polích pruské placky. Jednotlivá pole oddělují pasy podepřené představenými pilíři s římsovými hlavicemi. Mezi představenými pilíři vznikají pod okny mělké výklenky pro oltáře. Kruchta, jejíž střed je vysunut, je podklenuta pásem valené klenby s lunetami. Ve věži byla dochována světnice "věžného", která bývala vytápěná. Střechou věže tedy dodnes prostupuje komín z tohoto bytu, obývaného do počátku 20. století. Stěny věže jsou členěny omítkovými rámci. Dole se nacházejí obdélná okna s polokruhovým zakončením. V horním patře jsou obdélná okna s ušima a nad nimi hodiny. Jehlancová střecha je ukončena lucernou. Vchody do kostela jsou z boků lodi na západní straně. Portály obdélné s profilovanou segmentovitou římsou. Sedlová střecha má nad presbyteriem plechem krytou sanktusovou vížku. Sakristie má střechu pultovou. Okna lodi jsou půlkruhově zakončená, v železných rámech se nacházejí novodobé nebarevné vitráže. Vstupní portály mají pravoúhlé pískovcové ostění s lištou a patkami a jsou doplněny o supraportu s mělkou tvarovanou výplní a bohatě profilovanou, uprostřed stlačeně vzedmutou římsou.
Vnitřní výzdoba kostela je převážně barokní. Obraz na hlavním oltáři byl roku 1774 přemalován exjezuitou Josefem Kramolínem, který o rok později přeštafíroval celý oltář. V lodi jsou po pravé straně 3 postranní oltáře: Panny Marie, sv. Barbory a sv. Josefa, po levé straně další trojice: sv. Jana Nepomuckého, sv. Floriána a sv. Martina. Na obraze sv. Floriána umístěného na oltáři je znázorněn požár náměstí v roce 1772 a je na něm zachycena původní podoba radnice, která tehdy rovněž vyhořela. Vzácnou součástí kostela jsou barokní sochy od barokního řezbáře a sochaře Ignáce Rohrbacha. Drahocennou památkou je též stříbrná gotická monstrance ze 14. století. Křížová cesta byla zhotovena kuklenským malířem Antonínem Bayerem. Cínová křtitelnice nese nápis: „Leta Panie 1527 za knieze Ondrzeye fararze bohdaneczkeho a starssiho Petra Berana tato nadobka gest udielana, na ni gest pomoc uczinila Marie dczera a Przibil Mach.“ V kostele byly do roku 1907 varhany, jsou jednou třetinou varhan ze zrušeného kostela v Sedlci u Kutné Hory (druhá třetina je v Přelouči a o poslední se dnes již neví). Na ně hrál svého času zdejší regenschori, kantor a hudební skladatel Antonín Pavel Rosůlek. Současné varhany zhotovil kutnohorský varhanář Jan Tuček a k jejich opravě došlo roku 1993 firmou Organa.
Na chrámové věži se světlíky v podobě střílen, jež byla zvýšena až po obrovské vichřici v roce 1860, visela původně pětice zvonů: Velký, Prostřední, Bednářský, Umíráček a Poledník. Velký nesl text: „Leta Panie 1603 za starssich Miesteczka Gana Hybskeho Petra Zabranskeho a ginych toho czasu konsseluw, Waclaw Polaczek, Wenceslaus Slawik Donata pisarze radniho slyt gest tento zwon ke czti a chwale Bozi M. T. S. Gako gest Mogziss powyssil hada na paussti, tak powyssen ma byti syn czlowieka abi, každý kdo wierzi w nieho nezahynul ale miel ziwot wieczny. Chwalte Pana na cymbalich dobrze zniegiczich chwalte Ho na cymbalich utiessenie. Wsseliky duch chwal Hospodina. Zalm 150.“ Prostřední zvon byl opatřen nápisem: „Augustissima Imperatrice Maria Theresia Regina Bohemiae Hungariae matre regnorum feliciter regnante. Za spráwy wrchnoředitelstky Panstwj Pardubic urozeneho a statecneho wladyky Pana Gana Wildta gehož peči kostel od zkazy byl zachowan za sprawce siritčenskeho a hospodářstwj kostelniho urozeneho Pana Františka Wáclawa Brunera ktereho wynasnaženim wěž shořata znowu byla přikryta. Za spráwy mestečka Bohdanče: duchowni: Hynka Xaweria Ročka faraře a dilem kraje Chrudimskeho archiepiscopalem vicarium feraneum SST. Bac. Protonot. Pub. jur. Swětske: Pana. Gosefa Šintaka Primasa, p. Gosefa Komarka, p. Waclawa Kučery, p. Františka Syručka radnich pánu staršich obecnich: Giřího Vorla, Františka Langera. Anno 1772 die 12. Aprilis in fatali incendio sum diffusa, per Joanem Georgium Kühner civem Pragae Minoris anno 1780. refusa.“ Na Bednářský zvon byl vyryt text: „Verbum Domini manet in aeternum. 1627. Laudate Dominum in cymbalis benesonantibus.“ Poledník, jenž byl darován Janem Jelínkem, vrchním pardubického panství, měl na plášti nápis: „Tento zwon gest dielan ke czti a chwale Panu Bohu za starssich Pana Gana Slowaka a Gana Pabiczka 1563.“ Umíráček na sobě nesl pouze rok svého ulití – 1774. V roce 1917 viselo ve věži tyto zvony: Dušičkový o průměru 26 cm a výšce 21 cm z roku 1774, Poledník o průměru 83 cm a výšce 57 cm z roku 1563, Pan Ježíš o průměru 143 cm a výšce 100 cm z roku 1605, Panna Maria o průměru 111 cm a výšce 85 cm z roku 1780, Bednařík o průměru 48 cm a výšce 38 cm z roku 1617, Umíráček o průměru 21,5 cm a výšce 18 cm bez uvedeného roku slití; a v sanktusníku: Sv. Vojtěch o průměru 33 cm a výšce 25 cm bez roku slití a Sv. Václav o průměru 25 cm a výšce 19 cm, rovněž bez uvedeného data zhotovení. Kromě Poledníku a Pana Ježíše byly všechny zvony 17. ledna 1917 zrekvírovány. Dnes se zde nachází pětice zvonů, a to včetně 2 výše zmíněných, jež přežily i rekvizice za 2. světové války. Na závěr ještě dodejme to, že se k tomuto kostelu vztahuje řada pověstí a legend, a to včetně vzniku tzv. Velkého zvonu v roce 1603. Při jeho slévání mělo hodit do formy několik jeptišek řadu dukátů, aby zněl ke cti a chvále Boží rovněž zlatem. Během požáru roku 1772 se zachránil, když spadl ke dveřím chóru. Naopak ostatní 2 se rozlily. Kvůli hašení vodou však praskl, takže ztratil svůj původní velebný hlas, a tak se vrátil na věž až v roce 1780.