Udává se, že libeňská židovská čtvrť byla po staroměstském Josefově druhým nejvýznamnějším židovským osídlením na území dnešního hlavního města Prahy. Vznikla kolem roku 1746, kdy císařovna Marie Terezie vypověděla Židy z Prahy a vykázala jim stálé bydliště v nizko položené Libni, jež díky své poloze trpěla častými povodněmi. Nacházela se přibližně v místech současných ulic Voctářovy, Koželužské, Vojanovy a zaniklých ulic Jirchářské a Kožní. Jak tehdy Libeň vypadala, tak to nám ukazuje I. vojenské mapování z let 1764-1768 a jeho rektifikace z let 1780-1783 (viz
http://oldmaps.geolab.cz/map_viewer.pl?lang=cs&map_root=1vm&map_region=ce&map_list=c107). Nedlouho poté byl sice vypovídací příkaz zrušen, ale mnozí osídlenci se již do Prahy nevrátili a zůstali v Libni, kde bychom koncem 18. století napočítali 126 židovských rodin.
Jakýmsi centrem libeňského židovského ghetta, jež tu nemělo na růžích zrovna ustláno, se stala právě Koželužská ulice, v jejímž středu vyrostla již roku 1592 stará synagoga, o níž se začala v 19. století šířit řada legend, z nichž nejzajímavější je ta, v níž se tvrdí, že stála již v době kněžny Libuše, která dala v Libni vystavět hrádek a povolila, aby se v jeho podhradí usadilo 10 židovských rodin. Pověst pěkná, ale ani zbla na ní pravdy, protože libeňské Židovské město se objevuje na scéně až v roce 1595 pod jménem Judendorf a roku 1656 mu byla udělena Janem hrabětem Hartvíkem z Nostitz-Rienecku (viz
https://www.historickaslechta.cz/osobnosti/nostitz-rieneck-jan-hartvik-1610-†-1683-tento/) privilegia, jejichž konec přineslo až období po revolučním roce 1848, kdy byl dosavadní vládní a zákonodárný systém velice pozměněn. Jeho rozsah nám dokládá indikační skica stabilního katastru z roku 1841 (viz
https://ags.cuzk.cz/archiv/openmap.html?typ=skicic&idrastru=KRM221018410) a jeho reambulace z roku 1879 (viz
https://ags.cuzk.cz/archiv/openmap.html?typ=omc&idrastru=B2_a_4C_5751_6), k čemuž dodejme, že Tóra ze staré synagogy byla vystavena v roce 1791 na jedné z libeňských slavobrán při korunovaci císaře Leopolda II. na českého krále.
Kvůli častým povodním, zejména v letech 1764, 1785 a 1824 se však začalo uvažovat o jejím zbourání a vystavění nové, která by se nacházela v příhodnější lokalitě. Nešlo jen o již zmíněné povodně, ale také o vysokou vlhkost objektu kvůli spodní vodě, jež způsobovala plísně a další problémy, a to včetně až zatuchlého zápachu. První tyto nápady se objevily v roce 1845, kdy přišla další velká povodeň, která však ničila i jinde, neboť tehdy stoupla hladina o více než 5 m nad normál a jen ze 1 778 domů Starého Města, Židovského města a Malé Strany zatopila 785 domů a podobně tomu bylo přímo v Libni, přičemž nejhůře dopadli právě místní Židé. Jak to tam tehdy vypadalo, tak to si můžeme domyslet podle litografie „Povodeň v Praze roku 1845 v židovském ghettu“, jíž vydal tiskem V. Wach a jde o nejstarší známé vyobrazení zatopeného pražského Židovského Města na pravém pražském břehu řeky Vltavy, případně z toho, co o povodni napsal P. Václav Krolmus a Karolina Světlá. Ale na představu nám může stačit i zmínka Ing. V. Plenknera: „V Libni stála voda výše nežli roku 1784, tak že mnoho domků bylo až pod střechu ve vodě, 3 domy se sbořily, několik jich bylo na spadnutí, mezi nimi: Synagoga, ženské lázně, obecní dům atd.“
Po nějakou dobu trvajících jednání došlo k položení základního kamene nové synagogy, k němuž došlo 23. listopadu 1846 za účasti arcivévody Štěpána Františka Viktora Habsbursko-Lotrinského (viz
https://cs.wikipedia.org/wiki/Nová_synagoga_(Libeň)), který tu byl z titulu svého úřadu, protože v letech 1843-1847 působil jako místodržící v Čechách. Stavba se však později protahovala a nešlo jen o finanční stránku věci, i když ta byla nejdůležitější. Svému účelu pak byla odevzdána až v roce 1858, aby o 4 roky později byla její stará předchůdkyně, od jejíž v roce 1848 zahájené rekonstrukce bylo upuštěno, zbořena. Nebýt však továrníka Leopolda Dormitzera (již roku 1830 zřídil v Holešovicích prosperující tiskárnu vlny, občas mylně řazenou do roku 1822, což se možná dělo kvůli tomu, že v roce 1832 se přesunul do nově zakoupeného Arnoštova dvora v Holešovicích, přičemž začínal nejprve ve šmelcovně ve Zlatnické ulici a později v místnostech u pivovaru v Bubnech), tak by možná ani nestála, případně by její budování trvalo ještě déle. Navíc zde neměla stát pouze synagoga, ale i špitál a škola. Dochoval se dokonce jejich rozpočet, v němž nalezneme to, že sama synagoga měla vyjít na 7 369 zlatých a 53 krejcarů, škola na 6 543 zlatých a 2 krejcary a špitál na 3 461 zlatých a 51 krejcarů.
Vznikla tak novorománská trojlodní stavba se sedlovou střechou s orientálními a eklektickými prvky, jejíž trojosé průčelí vybíhá do trojúhelného štítu a vstup v podobě trojarkády ho mírně předstupuje, přičemž z každé strany se nachází jedno půlkruhově zakončené okno. Nad vstupem se nachází trojice půlkruhem zakončených oken, z nichž středové je větší a má dekorativní výplň. Nad ním je navíc umístěno reliéfní vyobrazení Mojžíšových knih s desaterem a hvězdou ve vrcholu. Východní průčelí se však od předem zmíněného západního průčelí liší, neboť zde nalezneme pouze menší kruhové okno, členěné štukovou šesticípou hvězdou a barevnými skleněnými výplněmi. Fasáda se 2 řadami oken po 5 kusech v záklencích se šambránami je pak členěna lizénovými rámy. Zde však musíme uvést to, že původní fasáda měla mnohem bohatší a výraznější štukovou výzdobu, stejně tak bylo bohatší lemování oken, ale 20. století přineslo současný stav objektu.
Za vstupní předsíní s rituálním židovským umyvadlem kijorem po levé straně a se dvojicí vstupů na 2 protilehlá vřetenová schodiště na galerii je situován vchod do hlavní části synagogy. Sálové trojlodí bazilikální podoby je zaklenuté křížovou klenbou a členěné obloukovou arkádou, nesoucí emporu po celé délce boční lodi. Arkádové i emporové hranolové sloupoví (vždy po 5 kusech) s rostlinným ornamentem zdobenými hlavicemi je obloženo umělým mramorem. K pilířům jsou přisazeny pilastry vysokého řádu, jež mají společné hlavice s arkádami empory. Nad arkádami je navíc obloučkový vlys, čelo arkád má zábradlí vyplněné poli s geometrickým glazovaným ornamentem. Před východní zdí je monumentální portálová oltářní stěna s arabizující ornamentikou a na západní stěně je situována kruchta. Řady lavic jsou pak orientovány k východu, kde je umístěna bima, což je jakýsi vyvýšený stupínek, na němž tradičně stává pultík ke čtení z Tóry, jemuž se říká šulchan (nebyl zachován). Vedle se pak nachází dřevěný svatostánek pro uložení svitků Tóry (viz
https://rg-encyklopedie.soc.cas.cz/index.php/svatostánek_(JKI-J)), jehož tenké postranní sloupky nesou půlkruhově zakončený nástavec se zlaceným hebrejským nápisem a Davidovou hvězdou ve středu. Pod nimi je série zlacených reliéfních symbolů, jež mají připomínat původní Šalomounův chrám v Jeruzalémě.
Zdejší Židé, kterých bylo roku 1890 386 ze 12 536 libeňských obyvatel, se zde modlili až do německé okupace, kdy byli deportováni do koncentračních táborů, odkud se většina z nich nevrátila. V roce 1941 došlo k uzavření synagogy a budova začala sloužit jako sklad židovských konfiskátů (zejména nábytku), což se nezměnilo ani po osvobození, protože se židovská obec v Libni neobnovila a synagoga jako arizovaný majetek zůstal v rukou státu. Stavba tak začala chátrat a skladovalo se zde ovoce a později kulisy Divadla S. K. Neumanna (dnes Divadlo pod Palmovkou), což se projevilo tím, že se v synagoze často pohyboval spisovatel Bohumil Hrabal, když v 50. letech 20. století působil jako kulisák. Do počátku 70. let 20. století tu tak probíhaly literárně-filozofické debaty a výtvarné seance, které měla na svědomí trojice bohémů-outsiderů: již zmíněného Bohumila Hrabala alias Doktora, explosionalistického grafika a malíře Vladimíra Boudníka a filozofa Egona Bondyho.
V souvislosti s výstavbou stanice metra Palmovka měla být synagoga v roce 1989 zbořena, díky sametové revoluci však byl demoliční výměr zrušen. Měla tak štěstí na rozdíl od původního rabínátu, jenž byl zbourán v souvislosti s výstavbou nedalekého autobusového nádraží ČSAD. Počátkem 90. let 20. století došlo k jejímu vyklizení, když došlo k jejímu navrácení pražské židovské obci a občasně se v ní konaly různé kulturní akce. Prošla též důkladnou rekonstrukcí, ale byla také terčem vandalských útoků. Zmiňme to, že roku 1996 bylo její průčelí i zdi zhanobeno nacistickými hesly a symboly. 14. června 1991 byl podán návrh na její památkovou ochranu, což se stalo 29. listopadu 1993 (viz
https://pamatkovykatalog.cz/nova-libenska-synagoga-15065568). V roce 1995 začalo užívat synagogu Sdružení SERPENS, jež zde pořádalo řadu výtvarných, divadelních i hudebních akcí a vzájemně propojovalo všechny obory umělecké činnosti. Roku 2023 se však dostalo do likvidace.
Dnes je tedy synagoga jedním z posledních pozůstatků po libeňském židovském městě, k němuž se vztahovala řada pověstí, např. o čarodějném učiteli a rabínu Lazarovi. Vedle ní jde ještě o dvojici domů v Koželužské ulici – dům U Horkých čp. 595, kde býval hostinec Adolfa Kohna a nyní je zde hrabalovská hospoda U Horkých (viz
https://uhorkych.cz), a dům čp. 589 z 1. poloviny 18. století, na němž jsou zvláštní zesílené zdi, a to jako ochrana před častými povodněmi.