První zmínka o Bydžovské Lhotce, jejíž katastr byl osídlen již v době kamenné, má pocházet z roku 1357 (jiné zdroje uvádějí rok 1362), i když je spojena pouze s místním kostelem, jenž byl zapsán již v popisu pražské diecéze z let 1344-1350. Panství i podací právo měli tehdy páni z Kosic, zčásti jako držitelé Lhoty, jež bývala původně nazývána jako „Něprova Lhota“. Prof. Antonín Profous píše o původu pojmenování této obce ve své knize „Místní jména v Čechách. Jejich vznik, původní význam a změny. I. díl. A-H“ toto:
„Bydžovská Lhotka, ves 5 km jv. od N. Bydžova: 1363 ad pres. Sulconis et Hrochonis de Kossicz ad E. in Lhota, exec. pleb. in Bidzouia, LC. Ib, 25 n.; 1395 in Nieprowie Lhotie, RT. I, 561; 1399 census pro eccl. in Lhota supra Kossicz, Ler. XII, 203; 1790 Neu-Bidschow: Lhotka, Lhota von 24 N., Schaller XVI, 12; 1835 Lhotka 1 ¼ St. sö. von Neu-Bidschow, Sommer III, 9; úř. 1854 Lhotka, 1886 Lhotka Bydžovská.
Ve 14. stol. se jmenovala Něprova Lhota. Os. jm. Něpr povstalo oslabeným článkováním z plného jm. Dněpr: Dnepr, filius Bribizlai, RB. II, r. 1291; Prikos et Dynepr, filii Pribyzlay, tamt. r. 1253; Brikosch et Niepro fratres, t. Jiné doklady viz u jm. Dnešice a výklad několika os. jmen ze jmen řek viz u jm. Dunajovice!“
Již v roce 1357 Zbyhněv z Kosic odsouhlasil směnu far mezi plebány Vítkem a Jakubem. Roku 1363 Sulek a Hroch (v roce 1370 psán plebán z Dobřenic) z Kosic podali kněze Mikoláše po zemřelém Vítu. Roku 1365 podali Sulek a Hroch z Dobřenic kněze Petra po zemřelém místním plebánu, jehož jméno se nedochovalo. Mohlo se však jednat o již dříve zmíněného plebána Mikoláše. V roce 1369 byly ze Lhoty odváděny 4 groše papežského desátku. O rok později dobřenický plebán Hroch a Kuneš ze Lhoty podali nástupce zemřelého plebána Petra, jehož jméno se rovněž nedochovalo. Roku 1390 podali Hošek a Zdeněk z Kosic kněze Řehoře na místo zemřelého plebána Petra. V roce 1397 držel kostel a díl vsi ve Lhotce Přech ze Záchrašťan, neboť tehdy chtěl prodat Mikuláši, řečenému Kotlovci z Mentúra, dědinu ve Lhotce s 9 kopami úroku a podacím kostelním tamtéž, jak to měl od Haška z Kosic. Přech si na toto dědictví dělal nároky proti královu nápadu, ale z prodeje nakonec nebylo nic, neboť roku 1410 dal král Václav celé královské právo na Kosice, Lhotu a Zadražany po zemřelém Hašku z Kosic Jindřichu z Labouně, řečenému Jindrovi. V roce 1414 Jindra z Kosic odsouhlasil směnu far mezi místním plebánem Markem a Paškem ze Semína. Později byla ves majetkem královského věnného města Nový Bydžov, a to až do zrušení poddanství a zavedení prozatímního zřízení obecního. Podle berní ruly z roku 1654 zde byli 2 sedláci (Jiřík Stejskal, Václav Vávrů), 3 chalupníci (Matěj Samků, Václav Polák, Jiřík Jiroudek) a 2 rozbořené a pusté statky (Buchtovský a Bartákovský). Roku 1843 žilo ve Lhotce 233 obyvatel ve 37 domech.
O 6 let později se Bydžovská Lhotka stala samostatnou politickou obcí. V roce 1869 žilo v obci 271 obyvatel ve 43 domech. 30. května 1886 zasáhlo obec velké krupobití. Téhož roku se dostalo do dražby Pšeničkovo stavení čp. 27. V září 1898 bylo povoleno otevření jednotřídní obecné školy, jejíž první správce si přišel na 500 zlatých služného, přídavek 80 zlatých a byt v nově postavené škole. Do té doby byla obec přiškolena k Měníku. 4. srpna 1900 byla technickou kanceláří rady zemědělské pro království České provedena měřičská revize projektu zdejšího vodního družstva. V roce 1910 potvrdilo c. k. místodržitelství stanovy Hospodářsko-čtenářské besedy. Téhož roku vznikl Spořitelní a záložní spolek a v obci žilo 268 obyvatel ve 49 domech. Fungovala tu rovněž Jiráskova knihovna, kterou obci zařídil krajinský spolek „Jizeran“. O 2 roky později vzniklo Rolnické družstvo pro zpracování a prodej zemědělských plodin v Bydžovské Lhotce, které v dubnu 1912 vyhlásilo ofertní řízení na stavbu sušárny. V témže roce byla obec popsána v díle Václava Kudrnáče „Uplný adresář a popis politického okresu Novobydžovského. Soudní okresy: Nový Bydžov - Chlumec n. C. a veškeré politické obce a osady“ takto:
„Lhota Bydžovská.
1 ½ hod. severně od Nového Bydžova.
Obyvatelů 267. Domů 50. Přirážky 50%.
Starosta Lhota Jan. Fara Nový Bydžov. Dráha a pošta Nový Bydžov. Škola jednotřídní. Řídící uč. Drtina A.
Živnostníci. Hostinští: Havrda F., Samek J. Kolář Lhota J. Kovář Krejčí V. Kupec Krejčí V. Kramář Česáková M.
V obci nalézají se 2 rybníky.
Majitelé větších usedlostí. Kožíšek J. (120 korců), Hladík J. (93).
V obci působili starostové. Od roku 1878 Kožíšek F., Novotný F., Kožíšek F., Hladík J., Kožíšek J., Samek F., Hladík J., Lhota Jan.“
Koncem roku 1915 čítalo zdejší rolnické družstvo 127 členů a 350 podílů (34 214 K). Z front 1. světové války se nevrátilo minimálně 5 místních mužů (Josef Brouček, Josef Česák z čp. 30, Josef Kraus, Josef Nesvačil, Rudolf Rychtera).
24. listopadu 1921 byl ustaven Spolek divadelních ochotníků „Jirásek“, který převzal majetek Hospodářsko-čtenářské besedy a o 2 roky později si pořídil nové jeviště. 22. ledna 1922 se uskutečnilo 1. poválečné divadelní představení – Diblíkova dceruška. 31. ledna 1923 byla ve schůzi zemského správního výboru odsouhlasena podpora vodnímu družstvu na odpady a drenáže do výše 50 149 Kč. V letech 1923-1924 provedlo vodní družstvo melioraci části místních pozemků. V letech 1924-1925 došlo k elektrifikaci obce. V noci na 20. listopadu 1927 došlo k vloupání do obchodu Václava Krejčího, odkud zmizelo kolem 80 Kč, uzenky za 25 Kč a krabice cukrovinek o hmotnosti 5 kg. Sám majitel nachytal zloděje a ti ho zranili tak těžce, že po chvíli zemřel. Následně novobydžovští četníci zatkli známou cikánskou tlupu Růžičků (25letý František Růžička, 26letý Rudolf Růžička, 23letý Josef Růžička a 18letý Antonín Růžička), která byla později za loupežnou vraždu odsouzena. Tato vražda otřásla celým okolím a byla přetřásána na stránkách tisku ještě dlouhou dobu. 15. července 1928 byla založena zdejší skupina katolické mládeže. V roce 1930 zadalo Vodní družstvo III. provedení melioračnich prací pro plochu asi 104 ha. V únoru 1935 byla založena místní organizace sociální demokracie, jejímž prvním důvěrníkem se stal František Pšenička z čp. 35. Roku 1939 byla založena místní organizace Národního souručenství. Za německé okupace bylo 5 zdejších obyvatel odvedeno na nucené práce do Německa. Tehdy nesla obec pojmenování Bidschower Lhota. 1. září 1945 byla zdejší škola uzavřena kvůli malému počtu žáků. Hned po osvobození byla zahájena výstavba obecní kanalizace a místního rozhlasu. 31. prosince 1946 vzniklo Zemědělské strojní družstvo, jehož prvním předsedou byl Josef Hladík z čp. 9. Roku 1951 zanikl SDO „Jirásek“. V roce 1956 vzniklo menšinové JZD, jež bylo k 1. lednu 1962 připojeno k JZD Humburky, a byl otevřen žňový útulek pro děti. Roku 1958 byl v rámci socializace vesnice vyhnán z obce kulak Stejskal, který vlastnil 43 ha půdy, ale oficiálně měl na sebe připsáno pouze 16 ha. Již v roce 1955 koupil tajně další pozemky a takto na nich hospodařil, aniž by MNV nebo místní organizace KSČ nějak zakročily, za což si vysloužily velkou kritiku nadřízených orgánů. 14. června 1964 se obec stala součástí Měníku. V roce 1970 byla vyasfaltována hlavní silnice. Náklady společně uhradily MNV a JZD. V září 1972 došlo k požáru kravína JZD Cidlina. Shořela střešní konstrukce a 400 centů sena. Roku 1982 byla dokončena výstavba prodejny smíšeného zboží. V roce 1983 byl vybudován nový družstevní seník. Roku 1985 byla bývalá škola přestavěna na kulturní zařízení. V roce 1995 byla provedena plynofikace. O 2 roky později byla opravena hřbitovní zeď a márnice, která získala novou fasádu. V letech 1997-1998 byly z bývalé školy upraveny kulturní zařízení (sál hostince má kapacitu 70 míst) a prodejna. O rok později byla povolena výstavba vodovodu. V roce 2003 byla dokončena rekonstrukce veřejného osvětlení. 22. července 2004 zapálil blesk stodolu v opuštěném statku, v níž byla sláma. Roku 2004 vznikl Občanský spolek pro hiporehabilitaci (viz
https://osphbl.webnode.cz).
Nejvýznamnějšími zdejšími pamětihodnostmi jsou: kaple Panny Marie z roku 1669, jež byla obnovena v letech 1887 a 1982 (v „Uměleckých památkách Čech 4 T/Ž“ se o ní naopak píše toto: „Uprostřed vsi KAPLE sv. VÁCLAVA - pův. připomínána již r. 1384, nová postav. r. 1836 a nynější koncem 19. stol., zařízení moderní.“), hřbitovní kaplička s márnicí a sušárna čekanky z roku 1912. Dříve byla obec známá i roubenými domy s podkrovními komorami a vikýři v doškových střechách. Ty postupně zanikly stejně jako zvonice u kaple Panny Marie. Ta však byla na rozdíl od nich s největší pravděpodobností rozebrána a trámy převezeny do Měníka, kde byla znovu postavena. Místními rodáky jsou: italský legionář a vrchní respicient finanční stráže v Aši František Čepek (* 15. listopadu 1897 Bydžovská Lhotka), ruský legionář a rolník Rudolf Kožíšek (* 31. září 1893 Bydžovská Lhotka), ruský legionář a železniční zřízenec ve Staré Pace Josef Valenta (* 25. října 1892 Bydžovská Lhotka) a příslušník čs. zahraniční armády na Západě František Prášek (* 16. května 1919 Bydžovská Lhotka). Výraznými osobnostmi nejen obce samé byli ještě: mistr tesařský Jan Fišer, jehož roubené stavby se nacházely po celém širém okolí; sedlák František Kožíšek, který byl známý svým vzorným chovem hovězího dobytka, jenž prezentoval na řadě výstav, např. na výstavě plemenného skotu a drůbeže v Novém Bydžově v roce 1888; sedlák Josef Hladík zase zasedal ve výboru Okresního hospodářského spolku a Vodního družstva v Novém Bydžově a byl též obecním starším a členem okresního zastupitelstva a Rudolf Kožíšek působil jako předseda SDO "Jirásek", jednatel SDH a člen výboru Nezávislé jednoty čs. legionářů v Novém Bydžově, jež byla ustavena 6. března 1938. Za zmínku stojí ještě to, že Josef Hladík se účastnil napoleonských válek a v roce 1813 se dostal jako zajatec do Francie. Od té doby byl nezvěstným a teprve roku 1890 byl úředně prohlášen za mrtvého.