Původně byl v těchto místech vybudován pouze farní kostel Zvěstování Panny Marie, a to před rokem 1359, který měl kolem sebe umístěn hřbitov. Již za Viléma z Pernštejna pak bylo rozhodnuto, že bude tato lokalita vždy sloužit církevním a školským účelům.
Na počátku 16. století se tu nacházel jihovýchodní roh městského opevnění, jež nechal vybudovat Vilém z Pernštejna. Jeho syn Vojtěch z Pernštejna zahájil roku 1530 za presbytářem farního kostela Zvěstování Panny Marie výstavbu věže o kruhovém půdorysu, kterou dostavěli až o 11 let později zdejší konšelé. Ti ji převzali již v roce 1531 a jejím účelem bylo sloužit jako zvonice a městská hláska, na níž byl městským nákladem udržován trubač.
Jak ona věž vypadala, o tom nejlépe píše Josef Sakař ve své knize "Dějiny Pardubic nad Labem. Dílu IV. část 1. Místopis starých Pardubic": "Hotová věž vznášela se na kruhovém půdorysu, majíc na svém válcovém trupu nad zdí hradební tři řady oken a vysazený ochoz - bezpochyby - osmiboký, s okénky v jednotlivých polích "kranclu". Střecha byla helmicová s lucernovou věžkou, nad jejíž stříškou vystupoval hrot s koulí kovovou."
Již zmíněný Vojtěch z Pernštejna přenesl zdejší faru ke kostelu sv. Bartoloměje a sem byl umístěn pouze klášter. Tím ztratila věž Bašta svoje opodstatnění, a tak byla nakonec opuštěna a ponechána svému osudu. 25. října 1645 shořela díky švédskému ostřelování města. Její kamenný zbytek byl upraven jako prachárna a i ten byl v roce 1816 rozebrán a materiál použit při výstavbě vojenských stájí podél hradebních valů. Jižní část náměstí pak zabírala řadu let vojenská jízdárna.
Později zde bylo pouhé klášterní městiště, kde se nacházela starší hlavní škola a později dívčí škola, zvaná "v klášteře". První velkou změnou se stala výstavba zdejší reálky podle plánu architekta Františka Schmoranze ze Slatiňan, kterou řídil místní zednický mistr J. Spěvák. Její základní kámen byl položen 19. června 1864 a budova byla slavnostně posvěcena 9. října 1865. Nové škole byla rovněž přidělena část bývalé klášterní zahrady, jež byla v roce 1882 omezena a následujícího roku upravena zahradníkem Josefem Lancem na botanickou zahradu. To již byly dávno rozvezeny všechny zbytky zdejších valů, protože rozhodnutí městské rady o této věci je datováno 18. červnem 1866.
Když byla takto zastavěna východní část náměstí, bylo rozhodnuto předělat i jeho protilehlou část, na níž byla vystavěna v letech 1890-1891 podle plánu vídeňského architekta Karla Hinträgera Staroměstská obecná a měšťanská škola, v níž se však začalo vyučovat ze zdravotních důvodů až v roce 1892.
K oficiálnímu pojmenování tohoto místa současným názvem došlo právě roku 1892, a to na žádost učitelského spolku Budeč, jemuž se toto jméno zdálo přinejmenším případné vzhledem k umístění řady zdejších škol, navíc se tak stalo u příležitosti 300 let od narození tohoto velkého českého myslitele. Dnes je toto náměstí, k jehož úpravě došlo koncem 80. let 20. století, tvořeno několika objekty. Na západě se nachází nárožní neorenesanční budova čp. 125, která je od 28. srpna 1987 památkově chráněná a dnes je součástí krajského úřadu (odbor školství). Sousední čp. 124 je již součástí Klášterní ulice.
Na severu náměstí se nachází již zmíněný kostel Zvěstování Panny Marie a za ním do Klášterní ulice patřící školská budova čp. 52 (od roku 2015 v majetku Základní školy a Praktické školy Svítání, o. p. s.), jež vznikla v letech 1889-1893 neorenesanční přestavbou původního minoritského kláštera, upravovaného již v letech 1699-1703 barokně Giovannim Domenicem Canevallem, přičemž exteriér objektu byl výrazně poničen odstraněním fasád v roce 1986, a to v rámci oprav, k jejichž zahájení došlo již roku 1983. Přesto je však od 12. března 1964 zapsán ve státním seznamu kulturních památek. Doufejme, že v květnu 2020 zahájená rekonstrukce přinese objektu mnohem lepší vzhled oproti minulosti.
Východní část náměstí je tvořela již jmenovanou starou reálkou čp. 120, v níž se svého času nacházela i SPŠ pro studující při zaměstnání. V letech 2009-2010 pak byla přestavěna pro potřeby Krajského úřadu Pardubického kraje podle projektu Ing. arch. Pavla Maleře, CSc. a Ing. arch. Petra Maleře z Pardubic, takže de facto je dnešní náměstí tvořeno pouze budovami krajského úřadu. Jižní hranici náměstí pak tvoří Jahnova ulice.
Střed náměstí tvoří stále zeleň, když byla původní botanická zahrada předělána na městský park, který prošel zároveň s rekonstrukcí přilehlých budov rovněž obnovou. Přibyla totiž fontána, lavičky, povrch byl uměle zvlněn a večerní romantičnost podtrhlo zřízení nového nasvícení okolních objektů. Dominantní fontána má tvar žulového sloupu v kruhovém bazénku, jehož drážkami stéká šestice pramenů. Vzhledem k umístění krajského úřadu má symbolizovat těžiště celého Pardubického kraje. V noci je pak nasvícena zeleně, takže v kombinací se stákající vodou připomíná jakési zelené plaménky. O této rekonstrukci se lze více dočíst na této webové adrese:
https://www.stavbaweb.cz/male-a-male-upravy-komenskeho-namsti-v-pardubicich-6159/clanek.html, vícero snímků pak zde:
https://ateliermaler.cz/2010-komenskeho-namesti-pardubice/. Náměstím rovněž od roku 2007 vede naučná Stezka Viléma z Pernštejna, o níž lze získat více informací na této straně:
https://www.ipardubice.cz/stezka-vilema-z-pernstejna/.