Tato lokalita byla osídlena již v pravěkých dobách, což dosvědčuje řada archeologických nálezů z různých období, např. v roce 1913 objevil učitel František Půlpán 1 kolovou stavbu a 2 sídelní jámy, o rok později bylo na poli nalezeno 7 sídelních jam z doby hradištní a roku 1936 byly v rašeliništi „Na Bahnách“ nalezeny kamenné nože. Podle všech nalezených nástrojů a dalších artefaktů bývá toto sídliště řazeno do období kultury nálevkovitých pohárů. Většina zdejších nálezů (seker, sekeromlatů a kopytovitých klínů) však patří do mladší doby kamenné. Pozůstatky kultury s vypíchanou keramikou a lengyelské kultury byly objeveny v roce 2005 v lokalitě „Na Nivách“. Keramický soubor pozdně lengyelské keramiky byl zjištěn roku 1983 u hřbitova. Mnohé nálezy spadají též do doby bronzové, např. slezskoplatěnické kultury (v letech 1989-1990 F. Šafář, V. Vokolek, J. Boček), a do doby železné (laténská kultura). Známé tu však je též středohradištní i mladohradištní sídliště.
První písemná zmínka o obci pochází teprve z roku 1436, kdy císař Zikmund Lucemburský zastavil Libišany, odedávna majetek kláštera opatovického, Zdeňkovi Švábovi z Chvalkovic. Původ jména vsi je neznámý, některé materiály hovoří o tom, že mohl být odvozen od zakladatele osady Libuše či Libiše, jiní autoři tvrdí, že jde o zkomolený výraz původního jména Lipišany, jež vzniklo od lip, a další prohlašují, že pojmenování pochází od toho, že zde byl vždy libý život. Z roku 1437 pochází nepřímá zmínka o existenci místní tvrze. Když totiž Hradečtí přepadli a vypálili Sezemice a 1. ledna 1437 se vypravili pro dříví do lesa, ale byli Divišem Bořkem z Miletínka zaskočeni a on jim vzal na 300 koní, vypravili se poté 30. ledna 1437 s velkým dělem k Libišanům. Dobýt se je jim nepodařilo, o dělo přišli a do Hradce Králové přivezli několik raněných. Zde však mohlo dojít k záměně Libišan za Libčany, neboť jedny zdroje hovoří o první vsi, ty druhé uvádějí, že šlo o Libčany. Skutečnost se dnes již sotva dozvíme. 18. června 1465 obnovil král Jiří z Poděbrad zápis 600 kop grošů na dvůr i ves Libišany Mikuláši Berkovi z Dubé. Od 17. února 1470 patřila vesnice Jindřichovi knížeti minsterberskému a hraběti kladskému, který 17. července 1477 nechal zapsat Libišany Václavovi ze Zahrádky a jeho manželce Markétě z Hustířan, a to s těmi dobrými vůlemi, jež měl od Mikuláše Berky a Jana ze Skaličky v sumě 600 kop grošů. Téhož roku král Vladislav potvrdil tento zápis Jindřichovi knížeti Minsterberskému a Václavu ze Zahrádky za věrné služby a připsal jim k prvotní částce ještě 100 kop grošů. 8. ledna 1491 převedl Jindřich hrabě Minsterberský všechna svá práva na Viléma z Pernštejna a na Helfenštejně, přičemž ručitelem při této smlouvě byl Václav ze Zahrádky. V roce 1493 Markéta z Hustířan a Dorota ze Zahrádky převedly svá práva na Libišanech Vilému z Pernštejna a na Helfenštejně. Ten koupil roku 1519 celou ves Libišany i se dvory od Jana staršího Otmara Holohlava. Tím se Libišany staly trvalou součástí pardubického panství. Vilém z Pernštejna následně přesídlil na pozemky u svého libišanského dvora 13 selských rodin z Podůlšan, které mu postoupily svoje statky, aby získal místo na vybudování nového rybníka Čeperky. Z roku 1575 je záznam o Matouši Mazurovi, který se ve ždánické krčmě popral se Šimonem Krčmářem a ten nedlouho poté zemřel. Byl tak obžalován z vraždy, ale nakonec byl osvobozen, i když mu byl uložen trest za to, že v rozporu s vrchnostenskými nařízeními s bratry Košťálovými z Podůlšan „na cizí grunty do krčmy na hradecká piva chodili.“ V roce 1588 měly Libišany 25 lidí osedlých, výsadní krčmu a rychtu, odváděly 11 kop 52 grošů 7 denárů svatojiřského úroku a 13 kop 27 grošů 7 denárů svatohavelského úroku a robotovaly 71 ¾ dne o žních a 46 dní při orání; zde byl také panský hajný pro lesy, uvedené u Opatovic. Po Bílé hoře patřila obec mezi ty, jež činily velký odpor vůči rekatolizaci. Roku 1628 zaskočili venkované hejtmanskému vojsku cestu a ostřelovali ho z blízkých močálů, takže teprve po 2 týdnech se podařilo pochytat zběhlé sedláky z obce i okolí a uvést je k poslušenství. Podle pamětní knihy byla první škola vystavěna v roce 1791, kdy sem byly přiškoleny Sedlice a Krásnice. Tehdy zde bylo 89 dětí. Jiné prameny hovoří o tom, že se v obci vyučovalo až od roku 1807. Školu spravovali: Krištof Mikan (do roku 1785), Dominik Škroup (do roku 1795), Antonín Langer (do roku 1797), Jan Doskočil (do roku 1806), Jan Procházka (do roku 1808), Josef Slavík (do roku 1824), Jan Till (do roku 1825), Václav Kopa (do roku 1846), Jan Wittoch (do roku 1855), Václav Jičínský (do roku 1858), Jan Bílý (do roku 1859), Josef Pištora (do roku 1864), František Drobný (do roku 1868) a po něm František Rybišar. V letech 1812-1813 byla stavěna silnice z Kuklen do Libišan. Délka silnice obnášela 4 823 sáhů. V roce 1843 zde žilo 412 obyvatel v 61 domech.
Roku 1849 se staly Libišany samostatnou politickou obcí. Počátkem ledna 1863 byla motykou zavražděna a oloupena židovská kramářka. V roce 1865 byla zemskému sněmu podána žádost představenstva obce o vyloučení z okresu pardubického a zařazení do královéhradeckého. O rok později byly Libišany vyloučeny ze ždánické farnosti a připadly k Osicím. Roku 1883 byla jednotřídní škola rozšířena o 2. třídu. Stará školní budova shořela v roce 1872, základ k nové jednotřídce byl položen roku 1874. Druhá třída tak skoro 10 let působila v najaté místnosti. V roce 1887 byly c. k. místodržitelstvím potvrzeny stanovy SDH. Roku 1893 byla ke školní budově přistavěna třída. V roce 1895 byly c. k. místodržitelstvím potvrzeny nové stanovy SDH. 18. dubna 1895 vypukl požár v čp. 59, který se rozšířil na domy čp. 44, 78 a 80. 19. srpna 1895 vypukl oheň v domku J. Tesaře v okamžiku, kdy právě hasiči odejeli na cvičení do Březhradu. Téhož roku V. Píša vykopal 2 hrnce plné stříbrňáků ze 16. a 17. století. V roce 1896 zahájilo Vodni družstvo pro odvodnění pozemků na Bohdanečsku práce, při nichž byla objevena u Libišan velká ložiska rašeliny, jež se později vozila do bohdanečských lázní. 9. září 1900 byl vysvěcen obecní hřbitov. Roku 1905 byla ustavena místní záložna. V říjnu 1911 při zařizování elektrického osvětlení pražskou firmou Kolben způsobil 22letý montér Josef Pitro požár statku Josefa Novotného, načež si z revolveru vpálil kulku do pravého spánku. 21. listopadu 1911 byla obec napojena na elektrickou síť z Hradce Králové, o čež se zasloužilo nově vzniklé Hospodářské strojní družstvo pro rozvod a upotřebení elektrické síly v hospodářství a v živnosti v Libišanech. Z 1. světové války se nevrátilo 30 zdejších mužů.
V roce 1921 bylo založeno vodní družstvo a dělnický divadelní kroužek. 14. října 1923 byla slavnostně odhalena pamětní deska novináři a politikovi Janu Stanislavu Skrejšovskému na jeho rodném domku čp. 17. Roku 1925 došlo k ustavení místní rady starších Církve československé. 25. srpna 1926 vypukl požár na půdě domu hostinského Františka Pecny. 26. května 1929 byli po pouťové zábavě při cestě domů pobodáni zemědělský dělník František Benc a služebná Růžena Svobodová, zaměstnaní u Františka Zámiše. 4. července 1929 nadělala řadu škod velká vichřice. Téhož roku byly zahájeny na katastru obce meliorační práce. V roce 1930 byla otevřena prodejna Ústředního konsumu v Hradci Králové. Roku 1933 byl zřízen telefon. O 3 roky později vznikla DTJ, a to jako odbočka jednoty v Čeperce. 8. července 1940 zasypala sesutá písečná stěna 4 dělníky v obecním písečníku, 3 osoby vyvázly s lehčím zraněním, 36letá Anna Svatoňová, matka 9 dětí, byla vyproštěna již mrtvá. V roce 1947 zasáhlo obec velké sucho. 22. srpna 1954 vyhořely stodoly u čp. 32-33. O 6 let později vznikla místní organizace Československého svazu žen. Roku 1965 byl založen fotbalový oddíl. 10 let se hrála v Libišanech nejnižší třída. Hlavní úspěchy přišly v sezóně 1975/1976, kdy libišanští fotbalisté vyhráli okresní soutěž. 5. června 1971 přišly přívalové srážky s krupobitím. V letech 1974-1977 byla postavena prodejna smíšeného zboží. V roce 1976 začal fungovat Sbor pro občanské záležitosti. Roku 1977 byla předána do užívání mateřská škola. 12.-13. července 1984 řádila v Libišanech velká vichřice. Ta se znovu objevila 23. listopadu téhož roku. Roku 1991 došlo k založení fotbalového klubu. V roce 1996 byla obec plynofikována. V letech 2004-2005 došlo k vybudování kanalizace a ČOV. Roku 2006 byl vodovod napojen na opatovický a v roce 2013 na podůlšanský. 29. května 2007 obdržely Libišany obecní symboly (viz
https://rekos.psp.cz/detail-symbolu/id/3662)
Ze zdejších pamětihodností jmenujme: kamenný kříž z roku 1834, který byl obnoven 27. listopadu 1834, 10. července 1871 a v letech 1928 a 2008; zděnou zvonici z téže doby; hřbitovní kříž z roku 1900; pomník padlým v 1. světové válce a hrob rudoarmějců na místním hřbitově z roku 1945. Nejvýznamnějšími místními rodáky byli: novinář, publicista, právník, podnikatel a staročeský politik Jan Stanislav Skrejšovský (6. ledna 1831 Libišany - 14. října 1883 Vídeň, podle Hugo Trauba byl narozen den po Třech králích); notář, novinář, politik a publicista JUDr. František Skrejšovský (1. srpna 1837 Libišany - 21. července 1902 Vsetín), který roku 1867 založil obrázkový časopis „Světozor“; učitel, včelař a zahradnický odborník Jindřich Wittoch (* 2. února 1851 Libišany - 13. prosince 1902 Ranná u Hlinska) a novopacký a holický farář Církve československé Václav Falta (1. července 1888 Libišany - po 9. květnu 1945 Terezín; za mrtvého byl prohlášen 31. prosince téhož roku).