Lhota pod Libčany, jak je již vidět ze samého názvu, tak byla od dávných dob přifařena do Libčan a jedinou věcí, co vlastně měla, byla vlastní zvonička. Původně se v obci zvonilo právě jen z obecní zvoničky, do níž byl pořízen 15 kg vážící zvon v roce 1772. Ten však v lednu 1890 praskl. Nový zvonek o hmotnosti 25 kg byl zakoupen z obecní pokladny. Stál 48 zl. a 64 kr., přičemž po odečtení ceny staré zvonoviny vyšel na 36 zl. a 64 kr. Jeho dodavatelem, nikoliv výrobcem jak se mnohdy uvádí, byla firma V. F. Červený z Hradce Králové. K jeho zavěšení a prvnímu zvonění došlo 27. února 1890.
Nápady o zřízení vlastní kaple se objevily mnohokrát v rámci posledních staletí, kdy začala Lhota pod Libčany překotně růst a do libčanského kostela bylo odsud docela daleko. Navíc se k tomu posléze přidružily různé spory obce i některých jednotlivců s libčanským farářem. Vážně se tímto problémem začala obec zabývat teprve v roce 1897. To proto, že když byl obecním nákladem zřízen vlastní hřbitov (základní kámen byl položen 23. května 1896, výstavbou pověřen J. A. Holinka z Roudnice, jeho posvěcení bylo uspořádáno 2. července téhož roku a hned po něm byla na pohřebišti pochována Anna Perná, roz. Luňáková, z čp. 79), mohly by se pohřební obřady též konat na území v obci a nevozit nebožtíky jinam. 6. ledna tohoto roku bylo na slavnostní schůzi obecního zastupitelstva rozhodnuto, že v následujícím roce bude postavena nákladem obce „Jubilejní mešní a modlitební kaple císaře a krále Františka Josefa I.“, to z toho důvodu, že tento rok byl ve znamení oslav 50letého výročí panování císaře Františka Josefa I. Následně byla ustavena 6členná stavební komise, v jejímž čele stanul Václav Tobiášek.
Nastala doba hledání vhodného místa. To bylo nakonec nalezeno mezi kamenným křížem a hasičskou zbrojnicí. Vypracováním plánu a rozpočtu stavby byl pověřen původně mistr zednický Josef Šulc z Pražského Předměstí, ale jeho dílo bylo odmítnuto stavitelským oddělením okresního hejtmanství. To zadalo obé architektovi Čeňku Křičkovi z Kolína, který měl za sebou již stavbu novorenesanční budovy občanské záložny čp. 75 v Kolíně (1895) a evangelického kostela v Libici nad Cidlinou (1896).
Poté se objevil problém v tom, že této stavbě nepřál libčanský farář P. Josef Šmíd, k němuž se přidal František Šnytr z čp. 92, který vše zdržel kvůli řadě rekursů, jež podal na všechny možné instituce. Když byly všechny zamítnuty, odvolal se ke správnímu soudu. Zde je třeba dodat, že František Šnytr si sjednal dvojici významných advokátů – JUDr. Jana Hellera z Hradce Králové a JUDr. Jaromíra Horáčka z Nechanic, zatímco autorem veškerých obecních odpovědí byl jen zdejší řídící učitel, protože obec neměla tolik peněz, aby mohla být právně zastupována.
Koncem ledna 1900 došlo obci vyrozumění o tom, že Šnytrově rekursu nebylo vyhověno, takže obec mohla zahájit stavbu, kterou provedl v postklasicistním slohu mistr zednický Josef Hroch z Praskačky. Ten dokonce ještě slevil 11 % z podaného rozpočtu, tj. ze 7 184,19 zl. Pod základní kámen, jenž byl upraven strážníkem dráhy č. 11 Janem Andersem, posvěcen libčanským děkanem a zazděn Václavem Horákem, byla 23. srpna 1900 vložena láhev s pamětní listinou. Zvony byly pořízeny u královéhradecké firmy V. F. Červený a synové. 94 kg vážící „Nejsvětější Trojice“ a 52 kg vážící „sv. Václav“ byly zavěšeny na věž 6. září téhož roku a k vysvěcení celé kaple P. Josefem Šmídem došlo 4. listopadu 1900.
V roce 1901 darovala Emilie Dažková z Hubenic věčnou lampu za 120 K, Anna Píšová z Hubenic oltářní obraz za 40 K, Anna Malířová sochu Panny Marie Lurdské za 70 K. Vedle toho František Šrajer odkázal jako první příspěvek na varhany 4 000 K a manželé Píšovi z Hubenic darovali drahocenné korouhve v ceně 160 K. Varhany byly pořízeny roku 1902 od Josefa Vanického z Třebechovic pod Orebem. Vyšly celkem na 1 200 K, z nichž 400 K odkázal 8. března 1901 zemřelý František Šrajer z čp. 31. Kamenný oltář byl proveden v letech 1902-1903 c. k. odbornou školou sochařsko-kamenickou v Hořicích, přičemž autorem projektu byl architekt Václav Weinzetl, reliéf Nejsvětější Trojice Boží vymodeloval profesor Josef Suchomel. Vysvěcen byl 19. července 1903 opět libčanským děkanem. Téhož roku manželé Tleskotovi na upomínku sňatku své dcery Anežky věnovali jubilejní kapli velký nástěnný kříž s tělem Páně a oltářní květiny. 8. února 1917 došlo k rekvizici obou zvonů. Nové zvony byly pořízeny až po vzniku ČSR. Oprava kaple proběhla v roce 1933. Celkový náklad i se dvojicí zvonů činil 23 080 Kč.
Roku 1942 došlo k rekvizici 1 zvonu, který se zpět nevrátil a byl použit na nacistickou válečnou výrobu. Poté nastalo delší období nezájmu o objekt. Teprve v letech 1993-1994 byla provedena generální oprava kostela a roku 1995 došlo na opravu varhan, kterou provedl Vladimír Grygar z Prostějova. V roce 2012 byla vyhlášena veřejná sbírka na opravu kaple, protože vnitřní i vnější omítky opadávaly kvůli zvýšené vlhkosti, strop byl prasklý a bylo tu i mnoho dalších závad. Poslední její obnova proběhla v letech 2016- 2017, kdy šlo zejména o rekonstrukci dřevěné konstrukce věže a zavěšení zvonu, opravu schodiště, vnitřních omítek, podlah a dveří. Zbývalo tak opravit pouze venkovní omítky, což si objekt skutečně zasloužil, ale stejně jako jinde šlo o to, kde sehnat potřebné peníze. Ty se nakonec sehnaly a v současné době prochází exteriér objektu tolik potřebnou obnovou. Nyní je kaple vedena jako filiální kostel, který nadále patří pod libčanskou farnost (viz
https://www.bihk.cz/dieceze/kostel/nejsvetejsi-trojice-57).