Zdejší mlýn je úzce spojen s řekou Bystřicí, i když se původně nacházel u jejího starého řečiště u tzv. staré nádržky a byl součástí panského dvora. Důkazem o tomto tvrzení mohou být zbytky zde zaražených pilotů, na nichž dřevěný mlýn nejspíše stával. Teprve v pozdějších letech byl přesunut na východní stranu vsi do lokality „Na obci“, kde se nacházelo rovněž obecní pastviště.
První zmínka o boharyňském mlýně pochází z roku 1569, kdy zdědil „mlýnský statek“ Vilém Jestřibský z Rýzmburku, a to po svém otci Bernartovi. Z toho můžeme usuzovat, že mlýn musel být ještě staršího původu, což rovněž dokazuje krátká zmínka o mlýně a strouze k němu vedoucí v zápise komorního soudu z 1. června 1521, kdy měla Markéta z Klinštejna na Nechanicích spor s Janem, Martinem, Bořkem, Petrem a Václavem Boharyňskými z Hrádku ohledně nedodržení smlouvy o vybudování mostu u Kunčic. V některých pramenech se tvrdí, že mlýn mohl existovat již v polovině 14. století.
Vilém Jestřibský z Rýzmburka a na Homyli držel mlýn nejspíše až do své smrti v roce 1614, i když jako jeho výslovný majitel byl zmíněn naposledy roku 1596. Všechny jeho majetky, a tudíž i mlýn, připadly poté jeho synovci Karlu Jestřibskému z Rýzmburka a na Boharyni a po něm byl v držení všech následujících majitelů zdejšího panského dvora. V roce 1651 byl zhotoven soupis obyvatelstva podle náboženství, v němž se hovoří o 42letém panském mlynáři Danielovi a jeho 50leté manželce Dorotě.
Teprve 1. ledna 1728 byl mlýn Aloisem Tomášem Raimundem hrabětem z Harrachu prodán dosavadnímu nájemci Jiřímu Markovi, a to za 500 kop míšeňských. Součástí kupní smlouvy však byly různé závazky, které přecházely na další generace místních mlynářů, jež se z nich museli po zrušení roboty po roce 1848 vykoupit.
Roku 1740 zemřel Jiří Marek a 4. ledna 1741 se ujal mlýna jeho syn Matouš, opět za 500 kop míšeňských. 1. září 1788 byl mlýn postoupen Matoušovu synovi Kašparu za 4 800 zlatých. Ten již 17. května 1786 odkoupil za 40 zlatých od vrchnosti pilu a 15. září 1788 prodal objekt Františku Bergerovi z Dubence (knihovní zápis o tom však byl proveden až k 1. říjnu 1802). Ten kolem roku 1822 odváděl z mlýna 90 zlatých stálého platu, ze řeky 6 zlatých, za naturální dávky ze mlýna 77 zlatých, z pily 2 zlaté a z dědičných pachtů 35 zlatých 15 krejcarů. Po něm převzal mlýn v roce 1834 jeho syn Antonín Berger (postupní suma činila 11 600 zlatých), který roku 1840 nechal v prostoru skladu zřídit novou zděnou zeď, a to až do výšky 1. poschodí. O 5 let později náleželo k mlýnu 14 jiter a 1371 strychů pozemků a mlýn byl celkem odhadnut i s nimi na 15 498 zlatých. Antonín Berger zemřel 19. listopadu 1865, nedlouho po svém nejstarším synovi Františkovi, jenž měl původně živnost po otcovi převzít.
Mlýn tak nakonec obdržel 1. července 1868 nejmladší syn Josef Berger (* 27. dubna 1848 Boharyně), který 25. února 1876 postoupil polovinu této živnosti své nezletilé manželce Marii (opět ji získal 27. července 1895 po její smrti, aby ji 8. ledna 1896 zapsal druhé manželce Marii, roz. Venclové, po jejíž smrti se 14. června 1897 stal vlastníkem celého mlýna). Díky němu se mlýn velmi proměnil, protože byly zbourány staré chlévy a na jejich místě nechal postavit nové a nad nimi umístil sýpku. Stejně tak nechal strhnout původní pilu, která byla hnána vodní silou. Na jejím místě a v přilehlé lokalitě zvané „V návalech“, jež nebyla obhospodařována, vznikla kolem roku 1868 velká zahrada. Vrcholem jeho činnosti byla v roce 1874 přeměna starého mlýna ve strojní válcový.
Po smrti Josefa Bergera (23. května 1906) se dostal mlýn do dražby, což dokazuje zmínka ve „Venkově“, který vyšel 21. srpna 1906:
„Oznámení.
C. k. okresní soud v Nechanicích prodává veřejnou dražbou nemovitosti náležející do pozůstalosti po p. Josefu Bergrovi, majiteli mlýna v Bohárně a to mlýnské usedlosti čp. 38 s pozemky v knih. vložkách č. 38 a 39 v Bohárně za podmínek, do nichž lze u téhož soudu v kanc. odděl. I. v síni č. 3 nahlédnouti.
Dražba koná se dne 30. srpna 1906 o 2. hod. odpol. na místě samém v Bohárně a bude se prováděti tím způsobem, že se bude nejprve prodávati mlýn čp. 38 s pozemky č. parc. 17., 18., 19. a 306. a potom teprve ostatní pozemky a to každá jednotlivá parcela zvláště.
Podepsaná záložna projevila k žádosti správy pozůstalosti ochotu, poskytnouti spolehlivým kupcům přiměřený úvěr za podmínek pro povolování půjček platných i nebude proto u mnohých kupců hotových peněz ani třeba.
V Nechanicích, dne 12. srpna 1906.
Občanská záložna v Nechanicích zapsané společenstvo s obmezeným ručením.“
Později mlýn provozovalo Rolnické družstvo pro zpracování a prodej zemědělských plodin a výrobků v Boharyni, jež ho koupilo 15. listopadu 1906 a následně při něm zřídilo sušárnu na čekanku. Zaniklo v roce 1952 a posléze byl mlýn spravován JZD, jehož přípravný výbor vznikl již roku 1951, ale družstevníci začali společně hospodařit až v roce 1957. Netrvalo dlouho a přestal fungovat jak mlýn, tak sušárna. Areál byl opuštěn a dlouhá léta chátral.
Tento roubený patrový mlýn z 18. století s patrem a kamennou částí z pozdějšího období, jež sousedí s dlouhým náhonem, a s dvoupatrovou zděnou sušárnou obilí a čekanky se sedlovou střechou z počátku 20. století je od 3. února 2003 památkově chráněn. Následně začala postupná rekonstrukce tohoto areálu, jež je závislá na omezených obecních prostředcích a získaných dotacích. V letech 2004-2005 byla provedena oprava krovu a střechy sušárny obilí a čekanky, jež byly v havarijním stavu. V roce 2008 došlo k opravě opěrné zdi mlýnského náhona, nároží budovy mlýna a výměně žlabů a svodů. V letech 2012-2013 byla provedena oprava střechy a krovu stodoly a následujícího roku byl odstraněn havarijní stav opěrné zdi u mlýnského náhonu. Více lze najít zde:
https://pamatkovykatalog.cz/vodni-mlyn-areal-2283518.