Kratonohy mívaly svého faráře již ve 14. století, a tak si z toho můžeme odvodit to, že se zde tehdy nacházela i fara. Její dispozici neznáme, ale soudí se, že se nacházela přibližně v místech současného objektu, i když původně se jednalo o dřevěný přízemní dům, který byl posléze obohacen o 2. poschodí.
První, i když nepřímou zmínku o místním plebánovi nalezneme v roce 1351, kdy byla část vsi o výměře 18 1/2 lánu a zároveň i podacího práva prodána Perchtou z Kostomlat, matkou Půty z Častolovic, svatojiřskému klášteru v Hradci Králové, který se pak právě o podací právo dělil s Častolovskými, což můžeme vidět roku 1374, kdy došlo ke směně míst mezi zdejším plebánem Janem a pražským oltářníkem Jiljím a ta byla schválena svatojiřskou převorkou a Půtou z Častolovic. Nový plebán však brzy zemřel a v roce 1380 byl na jeho místo prezentován kněz Václav, a to Markétou, manželkou Půty z Častolovic. Ještě téhož roku došlo k jeho výměně a ohledně nového plebána došlo ke sporu, neboť na základě papežské milosti se považoval za kratonožského plebána kněz Matěj a od laiků byl prezentován kněz Zdislav. Po nějakém čase byl nakonec potvrzen ve svém úřadě právě Zdislav. Ten zde strávil řadu let, protože teprve z roku 1433 máme zmínku o tom, že na místo zemřelého plebána Zdislava byl převoryní Dorotou a Půtou z Častolovic prezentován kněz Petr. Stejně jako jeho předchůdce Zdislav měl časté spory ohledně desátků, a to zejména s držiteli obědovického dvora.
Fara zanikla někdy v průběhu husitských válek, ale někdy poté došlo k její obnově, aby během třicetileté války opět zanikla, přičemž ještě v roce 1580 zde farář určitě sídlil a o faře máme zmínku rovněž z roku 1615. Posléze byla kratonožská farnost spravována okolními kněžími, zejména však z Dobřenic. Nakonec kratonožskou faru obnovil až František Ferdinand Kinský ze Vchynic a Tetova, který se roku 1721 obrátil na královéhradeckého biskupa Msgre. Jana Adama hraběte Vratislava z Mitrovic a ten mu vyšel v tomto vstříc i tím, že pro vychování kratonožského faráře přidal ze zemské kasy 100 zlatých a výše zmíněný šlechtic každoročních 50 zlatých ze svého důchodu a k nim ještě 6 sudů piva z panského pivovaru v Chlumci nad Cidlinou, 4 sudy piva z pivovaru v Kratonohách (1 sud byl počítán za 8 zlatých), ze Zádušního lesa 10 sáhů dříví a ještě další hmotné či peněžní příjmy, jejichž celkový soupis můžeme nalézt v listině z 9. září 1721.
Ještě téhož roku sem byl dosazen první farář P. Jáchym (psán i jako Jáchim či Joachim) Zelnička, který již 29. ledna 1721 poprvé v Kratonohách křtil. Problémem se však stalo jeho ubytování, a tak byl zdejší farář rád, že již 21. dubna 1723 se stal farářem v Lužci nad Cidlinou a mohl tak odsud odejít. Jeho nástupcem se stal P. Jan Ondřej Motl a teprve za něho byla fara úplně dostavěna. 29. října 1724 však vyhořela a spolu s ní 5 okolních stavení. S výstavbou nového objektu se příliš nespěchalo, a tak místní farář přebýval v letech 1724-1737 na zámku v Chlumci nad Cidlinou. Zde se však zdroje rozcházejí, jedni autoři tvrdí, že stavba nebyla nikdy zahájena, druzí hovoří o tom, že se s ní začalo, ale na den sv. Víta roku 1725 přišla taková vichřice, jež rozestavěný objekt úplně zničila.
Nová fara tak byla vystavěna až v letech 1736-1737 podle návrhu královéhradeckého stavitele Vojtěcha (Adalberta) Schneidera. 4. června 1741 v ní zemřel P. Jan Ondřej Mottl, jenž na její stavbu věnoval ze svého 50 zlatých. Novým farářem pak byl v letech 1741-1743 P. Jindřich Karel Štěpán, který 29. března 1743 nahradil zemřelého faráře v Lužci nad Cidlinou P. Jáchyma Zelničku. 5. dubna 1743 se stal kratonožským farářem P. Jan Ignác Kučera, který se zasloužil o obnovu kostelního zařízení. Po jeho smrti 1. května 1751 přišel do Kratonoh P. Prokop Herzog z Adlsburgu a ten odešel 16. května 1763 do Žiželic. Jeho nástupcem se stal P. Jan Lernet. Ale již 15. července 1766 zemřel a místo něj byl instalován P. Josef Longin Růžička, jenž se zasloužil zejména o pořízení nových varhan a o výstavbu nové kostnice v roce 1777, přičemž zemřel krátce po vybudování nové školní budovy 15. prosince 1780. Novým farářem se stal P. Franz (František) Wilfinger, který zejména svým nákladem přestavěl kostel a zařídil ho mnoha novými věcmi. Stejně tak se postaral o objekt fary, a to přitom nebyly jeho desátky příliš veliké, vždyť z Kratonoh činily 17 strychů, 2 věrtele a 1 1/2 čtvrtce žita a totéž množství ovsa.
Fara byla opět ohrožena 21. ledna 1810, kdy zasáhl ves velký požár. Naštěstí tehdy vyhořela pouze farská stodola a špýchar. Hůře však dopadl kostel a zvonice, čehož následkem se v roce 1824 vystavěla kostelní věž. Tehdy byl rovněž instalován nový farář P. Josef Pařízek a později byl jeho nástupcem P. Josef Haas, za něhož byly Kratonohy 30. května 1864 navštíveny královéhradeckým biskupem Msgre. Karlem Boromejským Hanlem. V roce 1874 se stal zdejším administrátorem P. Bernard Horáček, jenž nakonec převzal i úřad kratonožského faráře a roku 1880 se stal chlumeckým děkanem. Stejně tomu bylo u P. Josefa Pittermanna, který se stal nejprve kratonožským administrátorem a o 2 roky později i farářem, 28. září 1895 posvětil prapor zdejšího SDH (věnoval mu ho po požáru jeho dřevěné stodoly a chlévů 10. srpna 1895 jako poděkování za záchranu fary), 11. dubna 1896 přivítal na faře královéhrradeckého biskupa Msgre. Edvarda Jana Brynycha a 17. května 1898 zde zemřel, aby ho nahradil administrátor a posléze farář P. Václav Honzák. V roce 1905 administroval zdejší faru P. František Janák a následujícího roku byl instalován P. Václav Kysela. V roce 1925 se stal kratonožským farářem P. Josef Daněk, roku 1935 převzal zdejší administraci P. František Stříbrný a po něm v letech 1941-1943 P. Josef Rohleder (viz
https://www.dasice.info/obyvatele/osobnosti/rohleder-josef/) a tak to pokračuje dodnes, např. zmiňme devítileté období administrátora P. ThDr. Jana Filipa, jenž zde zemřel 21. listopadu 1971 (viz
https://www.kzmpribyslav.cz/muzeum/osobnosti-mesta/profesor-thdr.-jan-filip).
Situace se nezměnila ani později, a tak se fara uprázdnila, její okolí prošlo přitom řadou změn (24. února 1973 byla stržena farská stodola, kůlna a přilehlé kabiny TJ a na jejich místě následně vyrostla MŠ), aby byla později (roku 2011) prodána do soukromých rukou a sloužila pouze k bydlení. V roce 2012 byla provedena nová střecha, roku 2014 byla dokončena fasáda, v roce 2019 byla fara připojena na novou kanalizaci a o 2 roky později se objevila nabídka odprodeje poloviny nemovitosti. V současné době objekt náleží Yvettě Dmejchalové (koupila půlku objektu po PhDr. Michalu Havlíčkovi) a Danielu Suchému, který zde od roku 2011 vede uměleckou školu pro dospělé (viz
http://www.plenery.cz). Nadále zde však sídlí i Římskokatolická farnost Kratonohy, jež je administrována dlouhá léta z Dobřenic (viz
https://www.bihk.cz/dieceze/kratonohy) a v roce 2013 vzniklá společnost Fara Kratonohy s. r. o.