Kratonožský kostel býval farním již ve 14. století, kdy spadal pod královéhradecký dekanát a archidiakonát. Roku 1352 bylo odváděno z Kratonoh 12 grošů papežského desátku. V roce 1374 převoryně svatojiřská spolu s Půtou z Častolovic podala plebána Jiljího, dosavadního oltářníka v Praze. O 6 let později nastoupil po zemřelém knězi Jiljím plebán Václav. Roku 1380 probíhal spor o zdejší plebánii. Matěj se považoval za plebána na základě papežského milostného listu a Zdislav byl prezentován od laiků. Potvrzen byl nakonec druhý z nich. V letech 1384 a 1409 byl původní kostel, který byl vystavěn z cihel, uváděn jako farní. V roce 1387 Jan ze Slatin na Valečově, vykonavatel poslední vůle Jana Zabidovce, dříve zdejšího plebána, vykázal kostelu 2 kopy úroku z Obědovic, aby plebán na den sv. Kateřiny zpíval mši na oltáři, který zemřelý založil. Roku 1394 probíhal spor o desátky z obědovického dvora. O 4 roky později Jiří z Obědovic věnoval na výročí 1 kopu úroku ze dvora v Obědovicích. Téhož času plebán Zdislav koupil od Jana z Obědovic 1 ¾ kopy úroku z Obědovic. Zdislav z toho věnoval 1 kopu kostelu, aby zde bylo zřízeno kaplanství, když osadníci ještě zjednají 5 kop, kdyby tak neučinili, má ona 1 kopa zůstat plebánu bez jakýchkoliv povinností. Roku 1409 věnoval Václav z Milčova malý kousek lesa tomuto kostelu. V roce 1433 nastoupil po zemřelém plebánu Zdislavovi plebán Petr.
V letech 1707-1710 došlo k jeho barokní přestavbě. K tomu došlo v souvislosti s tím, že zde byla obnovena fara, resp. lokálie. Do té doby byl kostel filiálním k děkanství v Chlumci nad Cidlinou. O 11 let později se František Ferdinand hrabě Kinský spolu s královéhradeckým biskupem Janem Adamem hrabětem Vratislavem z Mitrovic složili na to, aby zde byla vybudována fara a na výchovu kněze do ní. První farář sem byl dosazen 27. ledna 1721 a byl jím P. Jáchym Zelnička. 29. října 1724 vyhořela za P. Jana Ondřeje Motla fara, takže od té doby až do roku 1737 přebýval na zámku. 24. března 1775 byl chrám vyrabován vzbouřenými sedláky. Na rozdíl od zámku neutrpěl tak výrazné škody. Nejspíše díky tehdejšímu faráři P. Josefovi Longinu Růžičkovi, který byl brán za velmi rozumného a po celém okolí byl mezi lidem ctěn. Setrval zde až do své smrti 12. prosince 1780. V roce 1807 po nákladné obnově kostela hrabětem Michnou vyhořela dřevěná zvonice, která stála před hřbitovem. Vedle toho shořela střecha kostela a popraskala jeho klenba. Trojice kostelních zvonů při požáru se rozlila nebo popraskala, a tak musela být v Praze přelita. Roku 1824 byla postavena nová věž, přičemž při kopání základů byl odkryt náhrobní kámen Magdaleny Vodkolkové ze Slivna, manželky Jaroslava Vodkolka na Újezdě a na Obědovicích. 15. ledna 1841 byl kostel zneuctěn svatokrádeží monstrance a ciboria. Nejsvětější tělo Páně bylo nalezeno na oltáři. 11. dubna 1896 navštívil kostel královéhradecký biskup Msgre. Edvard Jan Nepomuk Brynych, jenž zde udílel sv. biřmování. 16. června 1904 se projednávala před c. k. správním soudem žaloba proti ministerstvu kultu a vyučování ohledně soutěže na stavbu kostela a fary. O tehdejší opravě vyšel též malý článek, a to 29. června 1904 v Nové době: „V Kratonohách u Králové Hradce opravovali kostel. Náklad na opravu rozvržen všeobecnou přirážkou, z nichž na faru připadlo 27 korun, což se však zdálo býti faráři nekřesťanským a proto odvolal se k ministerstvu. Toto však stížnost zamítlo. Farář ale šel dál a správní dvůr faru od placení na správu kostela – osvobodil. To tak, aby ještě farář musel platit na kostel.“ V letech 1921-1922 probíhala bitva mezi římskokatolickou církví a nově vzniklou Církví československou o kostel a jeho majetek. V roce 1924 došlo k opravě kostela. 15. června téhož roku proběhlo svěcení zvonu „Josef“, který byl do kostela darován pražským hoteliérem a obědovickým rodákem Josefem Mejstříkem. 22. ledna 1964 byl objekt zapsán do státního seznamu kulturních památek (viz
https://www.pamatkovykatalog.cz/kostel-sv-jakuba-vetsiho-14324406). V letech 1974-1976 byla provedena nová omítka, opraveny věžní hodiny a kostelní věž pokryta měděným plechem. Všechny tyto práce vyšly na 150 000 Kčs. V letech 2007-2008 došlo k rekonstrukci střechy kostela, během níž byly opraveny a vyměněny dřevěné krovy a provedena výměna střešní krytiny včetně klempířských prací. V roce 2011 byla prodána farní budova s přilehlou zahradou.
Jedná se o jednolodní omítanou stavbu na obdélném půdorysu s nižším, trojboce uzavřeným presbytářem po jeho severní straně, se sakristií s panskou oratoří v patře a v západním průčelí s hranolovou věží. Stěny mají na své zevní straně odstupněné opěráky (loď na každé straně 3, presbytář 4 na hranách závěru), loď je se 2 okenními osami. Segmentově uzavřená okna jsou se šambránami, s uchy a kapkami, v presbytáři jsou oválná. Západní průčelí s přízemím věže je členěno nárožními pilastry, nesoucími římsu s vysokým vlysem, nad níž se zvedá patro věže, jež má nárožní lizény a v každé straně s jedním půlkruhově zaklenutým oknem, nad nímž jsou hodiny, zasahující až do úrovně hlavní římsy, která kolem nich tvoří půlkruhový oblouk. Střecha věže je jehlancová a plynule přechází ze čtyřboké v osmibokou. Jednopatrová čtyřboká věž, provedená při přestavbě roku 1707, je zakončena makovicí a kovaným křížem ve vrcholu. Hlavní vchod ze západu má segmentový záklenek a hladké ostění s klenákem. Nad vchodem se nachází oválné okno s hladkou šambránou. V oknech jsou kovové rámy s křížovým členěním, doplněné barvenými vitrážemi spojovanými olovem. K vnější zdi kostela jsou připojeny staré kamenné náhrobníky: na jižní straně věže z roku 1580 s erbem, na severní straně sakristie torzo náhrobníku s erbem, na severní straně lodi přizděný náhrobek s erbem v oválné kartuši, na severní straně věže náhrobek s erbem. Stěny jsou uvnitř členěny pilíři s toskánskými hlavicemi, oratoř v patře je otevřena do presbytáře obdélnými okny. Presbytář je sklenut jedním polem valené klenby s lunetami a v závěru konchou a lunetami, loď je sklenutá naopak dvěma poli valené klenby s lunetami a triumfální oblouk je půlkruhový. Na západě lodi se nachází dřevěná kruchta z doby kolem roku 1710. Uprostřed je segmentově vypjatá do lodi, nesená 2 vyřezávanými karyatidami, s kazetovým podkruchtím a s kuželkovým zábradlím. Klenba celého kostela je bohatě pokryta štukovými dekoracemi a freskami, jež zobrazují Kristovo mládí. Ty jsou doplněny malbami různých symbolů a nápisy. Uprostřed kostela je zapuštěna náhrobní deska krypty pánů Dobřenských z Dobřenic.
Hlavní oltář, který dal zhotovit roku 1710 majitel Kratonoh, hrabě Jan Václav Michna z Watzinova, je plasticky provedená jeskyně s uvnitř se nacházející sochou sv. Jakuba Většího a sochami sv. Anny a Panny Marie na vrcholu, a tudíž vlastně replika oltáře sv. Jakuba ze španělské Compostely. V přední straně tumby je vsazeno antipendium, které představuje Ježíše Krista volajícího k sobě sv. Petra na loďce. Nad obloukem jeskyně sedí velký pelikán, prsa sobě pro mláďata drásající. Postranní oltáře jsou bílé, částečně pozlacené. Na pravém je uprostřed obraz P. Marie Karlovské mezi soškami sv. Václava a sv. Prokopa. Levý oltář má ve středu malý obrázek vyučující sv. Anny, kolem něhož se nachází 7 medailonů s podoboznami svatých, přičemž vše je spojeno širokým řezaným rámcem. Dřevěná kazatelna má tvar velryby, v jejíž rozevřené tlamě je místo pro kněze. Pozornost si zaslouží rovněž obrazy sv. Jeronýma a sv. Pavla. Cínová křtitelnice je z roku 1604. Současné varhany pocházejí z roku 1905 od Josefa Kobrleho z Lomnice nad Popelkou a nahradily barokní nástroj Pavla Františka Horáka z roku 1773, jenž tehdy vyšel na 340 zl. V roce 2001 byly varhany opraveny Janem Karlem ze Sázavy.
Na věži původně visela čtveřice zvonů. První a největší o průměru 100 cm, výšce 104 cm, s reliéfy znaku Kinských, sv. Jana Nepomuckého, sv. Floriána a sv. Leopolda a s nápisem: „VNTER der Regierung des Hoch- und Wohlgeboren Herrn Herrn Leopold Grafens Kinsky von Chlumetz und Tettau im Jahr 1808 übergossen worden. Zur hohen Andacht und für Bräute. Erschalle festlich mein Geläute oft von des Turmes Höh´ hinab als Grabgesang ertön´ es selten nie soll´s als Feuerlosung gelten so lang ich hier mein Dasayn hab. Durch die Feuer´s Gluth in Prag war ich zuerflossen, Wittwe Anna Kühnerin hat mich gegossen.“; druhý o průměru 76 cm, výšce 80 cm a stextem: „Karl Bellmann & Anna Kühner hat mich gemacht Anno 1809.“ a zbylé 2 zvony byly totožné a bez nápisu (o průměru 36 cm a výšce 36 cm). Za 1. světové války byl v roce 1916 zrekvírován prostřední zvon „Poledník“ a malý „Umíráček“, který byl hned po válce nahrazen „Robotníčkem“ umístěným ve dvoře zdejšího velkostatku. Sám „Poledník“ byl nahrazen novým zvonem z roku 1924. Velký zvon byl přelit roku 1907 zásluhou faráře P. Václava Kysely, který ho proto usilovně hájil před rekvizicí. Znovu zmizely zvony z věže 2. dubna 1942. Tehdy byly německými okupanty zabaveny: velký zvon z roku 1808 o hmotnosti 6 q, malý zvon z roku 1928 o hmotnosti 4 q a 2 umíráčky, z nichž jeden byl vrácen a v náhradu za něj dán dvorský zvonek, kterým se před rokem 1848 lid svolával do roboty.